Development of a GUI for InterMineR and Cytoscape to make biological databases FAIR

Abstract

[spa] InterMine és un sistema del tipus magatzem de dades que permet crear grans bases de dades biològiques fàcilment des de fonts heterogènies en serveis web RESTful. El sistema proporciona eines estadístiques i d’anàlisis de dades potents. InterMine com a plataforma té una interfície web des d’on l’usuari pot fer cerques i incorpora recursos especialitzats com mètodes d’anàlisis d’enriquiment de conjunts de gens. InterMineR és una de les biblioteques informàtiques que dóna suport a la plataforma des de l’entorn de programació de R Studio. En aquest projecte, s’han implementat noves funcionalitats per permetre que l’usuari treballi amb col·leccions i conjunts de dades creats des de el servei web, anomenats llistes. Les noves funcions han estat incorporades i publicades en la nova versió del paquet a Bioconductor. L’objectiu principal d’aquest projecte ha estat la creació d’una interfície gràfica d’usuari (GUI) per fer cerques a les bases de dades d’InterMine i generar visualitzacions de xarxes Cytoscape. S’ha desenvolupat un programari executable en entorns d’escriptori. Aquest permet als usuaris reduir la complexitat de les dades i extreure’n significat amb fins de recerca. S’espera que permeti analitzar amb més profunditat les fonts d’InterMine i augmentar-ne la FAIR (dades trobables, accessibles, interoperables i reutilitzables en anglès).

[eng] InterMine is a biological data warehousing system for creating large biological databases of heterogenous data sources easily in RESTful web services. It provides powerful statistical and analysis tools. InterMine as a platform has a web interface in which user can run searches and incorporates specialized resources such as enrichment statistics. InterMineR is one of the software ’client’ libraries that interfaces the biological databases built using the InterMine platform with a programming environment, in this case R. In this project, new functionalities have been implemented to enable the user to work with stored collections of data and saved results sets created from a web-service, called lists. The new functions have been merged and published in the new Bioconductor version of the package. The main aim of this project is to create a graphical user interface (GUI) to query the InterMine databases and generating Cytoscape network visualizations. We developed a software that runs on desktop environment. It allows users to reduce the complexity of the data and extract meaning from it. It will allow data in InterMines to be further analysed - increasing its FAIRness.