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Implementación del análisis del ADN libre circulante en plasma en el diagnóstico de pacientes con cáncer de pulmón de células no pequeñas

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Universitat de Barcelona. Facultat de Medicina i Ciències de la Salut

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[spa] INTRODUCCIÓN: Las mutaciones en el gen EGFR son alteraciones comunes en pacientes con adenocarcinoma de pulmón. Los fármacos inhibidores de la tirosina quinasa son el tratamiento de elección en este grupo de pacientes, ya que han demostrado una mejora clara en la supervivencia frente a tratamientos convencionales. Las guías clínicas internacionales recomiendan el análisis de mutaciones en el gen EGFR en pacientes con un diagnóstico de adenocarcinoma avanzado. La biopsia de tejido continúa siendo el gold-standard para la caracterización molecular en pacientes con cáncer de pulmón de célula no pequeña. Sin embargo, en un alto porcentaje de pacientes no se dispone de muestra de tejido, o esta no presenta la calidad suficiente para realizar análisis moleculares. El ADN libre circulante (cfDNA) en plasma es una fuente alternativa para el análisis molecular indirecto del tumor, especialmente útil en aquellos pacientes de los que no se dispone de muestra de tejido. Junto con las características cualitativas del cfDNA, la información cuantitativa, como la concentración,y estructural, como el tamaño de sus fragmentos, está ganando interés en la práctica clínica.
HIPÓTESIS: la caracterización molecular del gen EGFR en pacientes con cáncer de pulmón de células no pequeñas mediante el análisis de cfDNA en plasma representa una alternativa adecuada al análisis en biopsia de tejido. Además, parámetros derivados de este análisis como la concentración y tamaño de los fragmentos de cfDNA o el índice semicuantitativo (SQI) podrían proporcionar información complementaria en el diagnóstico y seguimiento de pacientes con cáncer de pulmón de células no pequeñas.
OBJETIVOS: los objetivos de esta tesis son, en primer lugar, evaluar el impacto de la introducción en un entorno clínico real de un test tipo RT-PCR para el análisis de mutaciones en el gen EGFR en cfDNA en plasma. Además, determinar la utilidad clínica de la concentración del cfDNA y su fracción de fragmentos cortos como biomarcadores de estadificación de pacientes con cáncer de pulmón de células no pequeñas localmente avanzado o metastásico. Por otro lado, evaluar las características del índice semicuantitativo (SQI) obtenido en los pacientes con alteraciones en el gen EGFR y estudiar la asociación de la concentración del cfDNA y su patrón de fragmentos con parámetros derivados del FDG PET/TC.
MÉTODOS: se ha realizado un análisis prospectivo en una cohorte clínica de pacientes diagnosticados con cáncer de pulmón de células no pequeñas localmente avanzado o metastásico. En todos los pacientes se realizó el estudio de alteraciones en el gen EGFR mediante el Cobas EGFR Mutation Test v2 en cfDNA en plasma y se determinó la concentración de cfDNA mediante fluorometría, y el patrón de fragmentos de cfDNA mediante electroforesis capilar. Se recogieron datos demográficos, clínicos, histopatológicos y el resultado molecular en tejido, siempre que estuviera disponible, de todos los pacientes. Se analizó la eficacia diagnóstica del estudio de mutaciones en plasma, el impacto de la introducción de esta metodología en la práctica clínica y la utilidad de la concentración de cfDNA y el tamaño de sus fragmentos como biomarcadores. En los pacientes en los que se disponía de análisis de imagen mediante FDG PET/TC y TC toracoabdominal se estudió su asociación con la concentración de cfDNA y el tamaño de sus fragmentos. En un subgrupo de pacientes con deleciones en el exón 19 del gen EGFR se realizó el análisis de mutaciones en el gen EGFR mediante una metodología alternativa (ddPCR) que proporcionó la fracción de alelo variante (VAF) para la mutación encontrada y se realizó un estudio de correlación de la misma con el SQI.
PRINCIPALES RESULTADOS: el análisis de alteraciones en el gen EGFR en cfDNA en plasma mostró una alta eficacia diagnóstica comparado con el tejido. La concentración de cfDNA fue significativamente más alta en pacientes con estadios avanzados, y estos presentaron una fracción mayor de fragmentos cortos de cfDNA. Tanto la concentración de cfDNA como la fracción de fragmentos cortos presentaron una correlación positiva con los parámetros volumétricos y metabólicos derivados del FD PET/TC de la enfermedad metastásica. El SQI presentó una buena correlación con la VAF, tanto en pacientes al inicio del tratamiento, como durante el seguimiento longitudinal de los mismos.
CONCLUSIONES: i) el análisis del cfDNA en plasma para la determinación de mutaciones en el gen EGFR es un método preciso y rápido para la caracterización molecular inicial de pacientes con cáncer de pulmón de célula no pequeña en la práctica clínica. ii) La introducción del Cobas EGFR mutation test v2 en la práctica clínica ha permitido el acceso a terapias dirigidas a los pacientes en los que no se dispone de muestra de tejido. iii) La concentración de cfDNA correlaciona con el estadio tumoral y con parámetros de imagen del tumor derivados de las lesiones metastásicas, por lo que tiene potencial como biomarcador en la estadificación de la neoplasia. iv) la fracción de fragmentos cortos de cfDNA correlaciona con parámetros volumétricos y metabólicos de las lesiones metastásicas obtenidos a partir del FDG PET/TC. v) El SQI es un parámetro cuantitativo robusto que refleja indirectamente la VAF y el número de copias mutadas/mL en pacientes con mutaciones en el exón 19 del gen EGFR.

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cc by-nc-nd (c) González de Aledo Castillo, José Manuel, 2024

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Tesis Doctorals - Facultat - Medicina i Ciències de la Salut

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Implementación del análisis del ADN libre circulante en plasma en el diagnóstico de pacientes con cáncer de pulmón de células no pequeñas