Carregant...
Fitxers
Tipus de document
ArticleVersió
Versió publicadaData de publicació
Llicència de publicació
Si us plau utilitzeu sempre aquest identificador per citar o enllaçar aquest document: https://hdl.handle.net/2445/208689
Assessment of transcript reconstruction methods for RNA-seq
Títol de la revista
Director/Tutor
ISSN de la revista
Títol del volum
Recurs relacionat
Resum
We evaluated 25 protocol variants of 14 independent computational methods for exon identification, transcript reconstruction and expression-level quantification from RNA-seq data. Our results show that most algorithms are able to identify discrete transcript components with high success rates but that assembly of complete isoform structures poses a major challenge even when all constituent elements are identified. Expression-level estimates also varied widely across methods, even when based on similar transcript models. Consequently, the complexity of higher eukaryotic genomes imposes severe limitations on transcript recall and splice product discrimination that are likely to remain limiting factors for the analysis of current-generation RNA-seq data.
Matèries
Matèries (anglès)
Citació
Citació
STEIJGER, Tamara, ABRIL FERRANDO, Josep francesc, ENGSTRÖM, Pär g., KOKOCINSKI, Felix, The RGASP Consortium, HUBBARD, Tim j., GUIGÓ SERRA, Roderic, HARROW, Jennifer, BERTONE, Paul. Assessment of transcript reconstruction methods for RNA-seq. _Nature Methods_. 2013. Vol. 10, núm. 12, pàgs. 1177-1184. [consulta: 24 de gener de 2026]. ISSN: 1548-7091. [Disponible a: https://hdl.handle.net/2445/208689]