Miniatura

Fitxers

694570.pdf (1.32 MB)

Tipus de document

Article

Versió

Versió acceptada

Data de publicació

2019-05-01

Tots els drets reservats

Si us plau utilitzeu sempre aquest identificador per citar o enllaçar aquest document: https://hdl.handle.net/2445/187781

Toward understanding calmodulin plasticity by molecular dynamics

Títol de la revista

Autors

Director/Tutor

ISSN de la revista

Títol del volum

Recurs relacionat

https://doi.org/10.4155/fmc-2018-0323

Resum

Aim: Calmodulin interacts in many different ways with its ligands. We aim to shed light on its plasticity analysing the changes followed by the linker region and the relative position of the lobes using conventional Molecular Dynamics (cMD), accelerated MD (aMD) and scaled MD (sMD). Materials & Methods: Three different structures of calmodulin are compared, obtaining a total of 2.5 μs of molecular dynamics, which have been analysed using the principal component analysis and clustering methodologies Results: sMD simulations reach conformations that cMD is not able to, without compromising the stability of the protein. On the other hand, aMD requires optimization of the setup parameters to be useful. Conclusion: SMD is useful to study flexible proteins, highlighting those factors that justify its promiscuity

Matèries

Dinàmica molecular, Calmodulina

Matèries (anglès)

Molecular dynamics, Calmodulin

Citació

Col·leccions

Articles publicats en revistes (Ciència dels Materials i Química Física)

Citació

GARRIDO, Eduardo, JAUMOT I PIJOAN, Montserrat, AGELL I JANÉ, Neus, GRANADINO ROLDÁN, José m., RUBIO MARTÍNEZ, Jaime. Toward understanding calmodulin plasticity by molecular dynamics. _Future Medicinal Chemistry_. 2019. Vol. 11, núm. 9, pàgs. 975-991. [consulta: 26 de febrer de 2026]. ISSN: 1756-8919. [Disponible a: https://hdl.handle.net/2445/187781]

Exportar metadades

JSON - METS

Compartir registre