Carregant...
Tipus de document
TesiVersió
Versió publicadaData de publicació
Llicència de publicació
Si us plau utilitzeu sempre aquest identificador per citar o enllaçar aquest document: https://hdl.handle.net/2445/63785
Methods and Models for the Analysis of Biological Signifïcance Based on HighThroughput Data
Títol de la revista
Autors
ISSN de la revista
Títol del volum
Resum
[cat]L'aparició de les tecnologies d'alt rendiment ha generat una quantitat ingent de dades òmiques. Els resultats d'aquests experiment són llargues llistes de gens, que poden ser utilitzats com a biomarcadors. Un dels grans reptes dels investigadors experimentals és atribuir una interpretació o significació biològica a aquests biomarcadors potencials, ja be sigui extraient la informació bioblògica emmagatzemada en recursos com la Gene Ontology (GO) o la Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG), o be combinant-les amb altres dades òmiques. Els objectius de la tesis eren: primer, estudiar les propietats matemàtiques de dos tipus de mesures de similaritat semàntica per a explorar categories GO, i segon, classificar i estudiar l'evolució de les eines GO per a l'anàlisi d'enriquiment. La primera mesura de similaritat semàntica considerada, proposada per en Lord et al., es fonamentava en la teoria de grafs, i la segona era un grup de pseudo-distàncies, proposades per Joslyn et al., fonamentades en la teoria dels Partially Ordered Sets (POSETs). L'estudi de les eines GO es va basar en les primeres 26 eines disponibles al web del The GO Consortium. S'ha vist que la mesura d'en Lord et al. és la mateixa mesura que la d'en Resnik, anteriorment publicada. S'ha observat una analogia en la forma de mapejar els gens a la GO via grafs i/o via POSETs. S'han proposat una propietat i un corol·lari que permeten calcular matricialment les la primera mesura de similaritat semàntica. S'ha demostrat que ambdues mesures estan associades a la distància mètrica. A'ha desenvolupat un paquet R, anomenat sims, que permet calcular similaritats semàntiques d'una ontologia arbitraria i comparar perfils de similaritat semàntica de la GO. S'ha proposat un Conjunt de Funcionalitats Estàndard per a classificar eines GO i s'ha desenvolupat un programari web, anomenat SerbGO, dirigit a seleccionar i comparar eines GO. L'estudi estadístic ha revelat que els promotors de les eines GO han introduït millores al llarg del temps, però no s'han detectat models ben definits. S'ha desenvolupat una ontologia, anomenada DeGOT, que proporciona un vocabulari als desenvolupadors per a introduir millores a les eines o dissenyar una de nova.
Descripció
Matèries (anglès)
Citació
Col·leccions
Citació
MOSQUERA MAYO, José luís. Methods and Models for the Analysis of Biological Signifïcance Based on HighThroughput Data. [consulta: 30 de novembre de 2025]. [Disponible a: https://hdl.handle.net/2445/63785]