Amb motiu del tancament d'estiu, la validació de documents es reprendrà a partir del 28 d'agost de 2026. Disculpeu les molèsties.
Con motivo del cierre de verano, la validación de documentos se reanudará a partir del 28 de agosto de 2026. Disculpad las molestias
Due to the summer closure, document validation will resume starting August 28, 2026. We apologize for any inconvenience.

Fitxers

691304.pdf (11.54 MB)

Tipus de document

Article

Versió

Versió acceptada

Data de publicació

2019-07-17

Llicència de publicació

cc-by-nc-nd (c) Elsevier Ltd, 2019
Si us plau utilitzeu sempre aquest identificador per citar o enllaçar aquest document: https://hdl.handle.net/2445/153994

How B-DNA dynamics decipher sequence-selective protein recognition

Títol de la revista

Autors

Director/Tutor

ISSN de la revista

Títol del volum

Recurs relacionat

https://doi.org/10.1016/j.jmb.2019.07.021

Resum

The rules governing sequence-specific DNA-protein recognition are under a long-standing debate regarding the prevalence of base versus shape readout mechanisms to explain sequence specificity and of the conformational selection versus induced fit binding paradigms to explain binding-related conformational changes in DNA. Using a combination of atomistic simulations on a subset of representative sequences and mesoscopic simulations at the protein-DNA interactome level, we demonstrate the prevalence of the shape readout model in determining sequence-specificity and of the conformational selection paradigm in defining the general mechanism for binding-related conformational changes in DNA. Our results suggest that the DNA uses a double mechanism to adapt its structure to the protein: it moves along the easiest deformation modes to approach the bioactive conformation, while final adjustments require localized rearrangements at the base-pair step and backbone level. Our study highlights the large impact of B-DNA dynamics in modulating DNA-protein binding.

Matèries

Genètica molecular, Proteïnes

Matèries (anglès)

Molecular genetics, Proteins

Citació

Col·leccions

Articles publicats en revistes (Bioquímica i Biomedicina Molecular)

Citació

BATTISTINI, Federica, et al. How B-DNA dynamics decipher sequence-selective protein recognition. Journal of Molecular Biology. 2019. Vol. 431, num. 3845-3859. ISSN 0022-2836. [consulted: 5 of August of 2026]. Available at: https://hdl.handle.net/2445/153994

Exportar metadades

JSON - METS

Compartir registre