Abordatge genòmic personalitzat per a la identificació de la causa molecular en pacients amb distròfies hereditàries

Abstract

[cat] Les distròfies hereditàries de la retina (DHR) constitueixen un grup heterogeni de malalties minoritàries caracteritzades per la disfunció primària dels fotoreceptors o de l’epiteli pigmentari i comporten una pèrdua progressiva de la visió. Malgrat els avenços en les tècniques de seqüenciació massiva, fins a un 40% dels pacients romanen sense un diagnòstic molecular concloent, fet que té repercussions importants en el pronòstic, el seguiment clínic, l’assessorament genètic i l’accés a teràpies dirigides o assajos clínics. Hipòtesi Una proporció significativa dels casos no resolts es deu a les limitacions de les metodologies de seqüenciació convencionals, a les incerteses en la interpretació de variants identificades o a la presència de variants en gens amb evidència emergent. L’aplicació d’un abordatge seqüencial, flexible i personalitzat, que integri tecnologies genòmiques i funcionals avançades, pot incrementar de manera significativa el rendiment diagnòstic i afavorir la generació de coneixement clínic i biològic addicional. Objectius L'objectiu principal és millorar el rendiment del diagnòstic molecular en pacients adults amb DHR. Els objectius específics inclouen: caracteritzar una cohort sense diagnòstic concloent, identificar variants difícils de detectar amb seqüenciació convencional, optimitzar el seguiment clínic i les opcions terapèutiques dels pacients, avaluar gens amb implicació emergent, establir correlacions genotip-fenotip, validar funcionalment variants amb potencial clínic i proposar un protocol transferible a la pràctica clínica assistencial. Mètodes Es van revisar els estudis genètics de 597 adults amb diagnòstic clínic de DHR (525 casos índex). Dins del 40% de pacients no resolts, es va prioritzar una subcohort de 101 pacients per aplicar-hi un model seqüencial adaptat a les particularitats de cada cas i estructurat en quatre etapes: Revisió i reclassificació de VUS segons criteris internacionals modulats per nova evidència, validació funcional i correlació fenotípica. Reanàlisi de dades genòmiques amb panells virtuals ampliats i pipelines bioinformàtics actualitzats. Seqüenciació complementària, incloent-hi genoma complet i panells dirigits a regions complexes (ORF15 de RPGR i regions intròniques profundes d’ABCA4 i USH2A). Estudis funcionals basats en l’anàlisi d’ARNm i en assajos de minigens o midigens per avaluar alteracions de l’splicing. Resultats principals En la cohort global (n=597), es van resoldre molecularment 376 casos —313 casos índex i 63 familiars— mitjançant el primer estudi genètic, amb un rendiment del 59,6% entre els casos índex (313/525). En la subcohort prioritzada de 101 pacients no resolts, l’abordatge seqüencial va permetre establir 49 nous diagnòstics, dels quals 42 corresponien a casos índex i 7 a familiars, elevant el rendiment global al 67,6% (355/525), equivalent a una millora relativa del 13,4%. Les principals aportacions d’aquest treball inclouen: Reclassificació de variants de significat clínic incert concordants amb el fenotip, que va permetre resoldre 18 casos i aportar informació rellevant en 23 més, com en el cas de REEP6 c.349-4G>T, reclassificada com a probablement patogènica després d’un estudi de segregació i d’ARNm. Reanàlisi genòmica amb panells i pipelines actualitzats, que va contribuir a 16 diagnòstics addicionals, mentre que l’aplicació de tècniques complementàries en va aportar 15 més. Identificació de variants no codificants amb efecte patogènic, incloent-hi set variants intròniques profundes en ABCA4 (una de les quals no havia estat reportada i es va validar funcionalment amb midigen), una variant en homozigosi en ATF6 amb patogenicitat confirmada per estudi d’ARNm, i variants en RPGRIP1 i USH2A identificades en trans en pacients amb una única variant prèvia i fenotip compatible. Detecció de dues variants en NPHP4 que van permetre establir el diagnòstic d’una forma sindròmica amb afectació renal prèviament no reconeguda. Identificació de variants estructurals i delecions parcials en ABCA4, ARSG, NPHP1 i PDE6B, totes amb implicacions clíniques i reproductives, i en alguns casos amb necessitat de seguiment multidisciplinari específic. Confirmació del paper patogènic de diverses variants codificants prèviament descartades, com ABCA4 c.5603A>T (confirmada com a variant hipomòrfica), CERKL (recuperada gràcies a l’actualització d’anotacions), HK1 (prioritzada amb l’ús de termes HPO) i TULP1 (validada mitjançant minigen). Caracterització d’una variabilitat fenotípica significativa en famílies amb variants en TULP1 i CEP290. Conclusions Aquest estudi demostra que un model seqüencial i adaptatiu que combini la reanàlisi crítica de dades genòmiques amb tècniques de seqüenciació d’alta resolució i validació funcional millora significativament el rendiment diagnòstic de les DHR i permet resoldre casos complexos. La interpretació de variants en aquestes malalties requereix expertesa, actualització contínua dels criteris i una col·laboració multidisciplinària estreta. L’establiment de noves correlacions genotip-fenotip, l’anàlisi de mecanismes moleculars no convencionals i la incorporació de gens amb evidència emergent aporten un valor clínic i biològic addicional. El model proposat és escalable, transferible i sostenible, i representa un pas ferm cap a una medicina de precisió més personalitzada, equitativa i translacional en l’abordatge de malalties minoritàries amb elevada heterogeneïtat genètica.