Miniatura

Fitxers

647695.pdf (933.42 KB)

Tipus de document

Article

Versió

Versió publicada

Data de publicació

2015-02-18

Llicència de publicació

cc-by (c) Fuso, Andrea et al., 2015
Si us plau utilitzeu sempre aquest identificador per citar o enllaçar aquest document: https://hdl.handle.net/2445/101440

Disclosing bias in bisulfite assay: MethPrimers underestimate high DNA methylation

Títol de la revista

Autors

Director/Tutor

ISSN de la revista

Títol del volum

Recurs relacionat

http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0118318

Resum

Discordant results obtained in bisulfite assays using MethPrimers (PCR primers designed using MethPrimer software or assuming that non-CpGs cytosines are non methylated) versus primers insensitive to cytosine methylation lead us to hypothesize a technical bias. We therefore used the two kinds of primers to study different experimental models and methylation statuses. We demonstrated that MethPrimers negatively select hypermethylated DNA sequences in the PCR step of the bisulfite assay, resulting in CpG methylation underestimation and non-CpG methylation masking, failing to evidence differential methylation statuses. We also describe the characteristics of "Methylation-Insensitive Primers" (MIPs), having degenerated bases (G/A) to cope with the uncertain C/U conversion. As CpG and non-CpG DNA methylation patterns are largely variable depending on the species, developmental stage, tissue and cell type, a variable extent of the bias is expected. The more the methylome is methylated, the greater is the extent of the bias, with a prevalent effect of non-CpG methylation. These findings suggest a revision of several DNA methylation patterns so far documented and also point out the necessity of applying unbiased analyses to the increasing number of epigenomic studies.

Matèries

ADN, Metilació, Àcids nucleics, Clonatge, Epigènesi, Bioinformàtica

Matèries (anglès)

DNA, Methylation, Nucleic acids, Cloning, Epigenesis, Bioinformatics

Citació

Col·leccions

Articles publicats en revistes (Patologia i Terapèutica Experimental)
<b>Publicacions de projectes de recerca finançats per la UE</b>
Articles publicats en revistes (Institut d'lnvestigació Biomèdica de Bellvitge (IDIBELL))

Citació

FUSO, Andrea, FERRAGUTI, Giampiero, SCARPA, Sigfrido, FERRER, Isidro (ferrer abizanda), LUCARELLI, Marco. Disclosing bias in bisulfite assay: MethPrimers underestimate high DNA methylation. _PLoS One_. 2015. Vol. 10, núm. 2, pàgs. e0118318. [consulta: 25 de febrer de 2026]. ISSN: 1932-6203. [Disponible a: https://hdl.handle.net/2445/101440]

Exportar metadades

JSON - METS

Compartir registre