Tesis Doctorals - Departament - Anatomia Patològica, Farmacologia i Microbiologia

URI permanent per a aquesta col·leccióhttps://hdl.handle.net/2445/34989

Estadístiques

Examinar

Mostrant 1 - 20 de 27

Somatic processed pseudogenes and micropeptides in cancer: insights from large-scale genomic studies
(Universitat de Barcelona, 2024-04-11) Dueso Barroso, Ana; Torrents Arenales, David; Universitat de Barcelona. Departament d'Anatomia Patològica, Farmacologia i Microbiologia
[eng] Cancer, a complex disease, arises from accumulated somatic genomic and epigenomic changes within tumor cells, typically acquired during an individual’s lifetime. These alterations confer growth advantages, transforming normal cells into cancerous ones. Differences among tumors originated in the same tissue, have been demonstrated and characterized in diverse studies using large cohorts of patients, such as The International Cancer Genome Consortium (ICGC) or The Cancer Genome Atlas (TCGA). Furthermore, it is known that each tumor can be formed by many cell populations, each accumulating different somatic genetic mutations. This knowledge has put into question the traditional classification of tumors, and how they are treated. Advancements in genome technologies, such as next-generation sequencing, have played an important role in generating vast amounts of tumor datasets, allowing sophisticated and ambitious bioinformatic analyses. These technologies have been essential to comprehend tumor formation and progression, and their potential translation into the clinics. Using large-scale and public initiatives of cancer data, and through the combination of genomic and transcriptomic analysis, we have been involved in diverse cancer-related studies, primarily focused on the identification and interpretation somatic genomic events. Therefore, the general goal of the work described in this thesis is to expand the understanding of the genomic basis behind tumors, through the analysis of somatic events, like somatic processed pseudogenes and other previously unexplored genomic elements, i.e. micropeptides. First, in collaboration with Dr. Elias Campo from IDIBAPS, we participated in a longitudinal study of Chronic Lymphocytic Leukemia. In particular, we were focused on the analysis of somatic structural variants, to define and quantify their cell frequency and incorporate them in the study of the subclonal architecture of CLL patients. Using diverse variant calling pipelines and experimental validations, we first identified SVs and observed an increase in them during tumor progression, particularly evident once the patients transformed into a more aggressive form known Richter’s syndrome. We then designed a strategy to calculate SV variant allele frequencies. This involved exploring coverage variability and read alignment within these mutated genomic regions. Based on this analysis, we could observe stable or decreased SV frequencies at diagnosis, contrasting with increase at Richter transformation. Another part of the thesis has been conducted in the context of the Pancancer Analysis of Whole Genomes initiative, where we studied the landscape of processed pseudogenes in 2585 cancer genomes and assessed their potential functional impact. PPs represent mRNA copies randomly integrated into the genome through retrotransposition. Prior to our study, these events were described as somatic in only a few tumor types. We established a protocol based on automatic rules applied to somatic structural variants and manual inspection of the genomes, to detect such somatic event. We found evidence for 433 candidates somatic PPs across 251 tumor genomes, uncovering new cancer types not examined before. Additionally, as a first approximation to study their functional impact and using RNA-seq data exploration, we identified evidence of expression of 17 PPs across 6 tumor types. The reconstruction of the potential PP- host gene fusion transcripts allowed us to predict that these insertions generally generate premature stop codons within the coding region of the host. Finally, we focused on the identification of novel micropepitdes, a recently discovered class of genetic elements. Micropeptides are small open reading frames of less than 300 nucleotides that can code for stable and functional small proteins. Among other observed functions, it has been shown that these small peptides can suppress cancer growth and have important roles in cancer. We used publicly available genomic and transcriptomic data to identify new micropeptides, focusing on non-annotated DNA regions. First, in collaboration with Dra. Maria Abad from VHIO, we defined a catalog of more than 1.000.000 candidate micropeptide sequences in non-annotated regions. To do so, we performed de novo transcriptome assembly of 6 RNA-seq samples from pancreatic adenocarcinoma human tissues, merged the predicted transcripts and in-silico translated their sequences. Results were filtered to remove sequences overlapping with known coding sequences and depending on their expression values. The dataset was then used for analyzing pancreatic tumor samples with mass spectrometry analysis. Secondly, complementing this collaboration, we lead a different study focusing on the identification of new small ORFs within non- annotated regions of the human genome. Based on evolutionary conservation features at DNA and protein level, we identified a set of 8.289 candidate smORFs within intergenic regions of the human genome. We then also analyzed their potential transcription on 135 normal samples from the GTEX project, including 28 tissues. From this data, we could find expression evidence for 260 candidate smORFs in at least one normal sample. Lastly, with the aim of exploring the role of micropeptides in cancer we analyzed recurrence of somatic SNVs from the ICGC. However, to date, we have not identified any cancer driver mutations within these smORFs. We hope that extending this comparison to other collections of somatic variants related to cancer can identify candidate cancer smORFs Collectively, the presented thesis offers a comprehensive description of somatic genomic events in cancer focusing on structural variation and processed pseudogenes, as well as the evaluation of novel gene elements, providing a foundation for future investigations.
Diferenciación plasmocelular en linfomas no-Hodgkin de células B: implicaciones clínicas y terapéuticas
(Universitat de Barcelona, 2017-07-19) Solé Cañadas, Carla; Martínez Pozo, Antonio; Roué, Gaël; Universitat de Barcelona. Departament d'Anatomia Patològica, Farmacologia i Microbiologia
[spa] La diferenciación plasmocelular es un fenómeno relativamente frecuente en algunos linfomas no-Hodgkin, estos linfomas presentan un bloqueo incompleto de la diferenciación plasmocelular. La diferenciación plasmocelular se ha observado ocasionalmente en MCL y CLL. En el caso del MCL se ha visto que el subtipo indolente, que se caracteriza por ser SOX11-, presenta ciertos niveles de diferenciación plasmocelular. Se ha descrito que el silenciamiento de SOX11 produce una reducción de los niveles de PAX-5, permitiendo así una diferenciación plasmocelular temprana. En el MCL es muy importante la detección de SOX11, sobre todo en los casos ciclina D1 negativos, ya que este factor de transcripción puede segregar los pacientes según el pronóstico. No obstante, debido a la elevada homología que existe entre SOX11 y SOX4, la discriminación entre ambas proteínas dificulta la tarea en el diagnóstico de rutina. En esta tesis doctoral, hemos determinado que los anticuerpos más relevantes para la detección de SOX11 son el anti- SOX11143 y el anti-SOX11MRQ-58. Por western blot, el anti-SOX11MQR-58 parece ser el anticuerpo más sensible y más específico. Por el contrario, en IHQ el anti-SOX11MQR-58 detecta la proteína con menos sensibilidad, siendo el anti-SOX11143 la mejor opción para IHQ. Además, hemos podido observar que dos poblaciones celulares, las células foliculares dendríticas y las células de las vénulas del endotelio alto, también son SOX11+, aunque serán necesarios más estudios para determinar si podría ser un marcador para estas células y para los tumores derivados de ellas. En la CLL se ha visto que la diferenciación plasmocelular estaba vinculada a la expresión de BLIMP-1, el principal regulador de la diferenciación a célula plasmática. No obstante, los pacientes con CLL no presentan una diferenciación total a célula plasmática. En esta tesis hemos estudiado un conjunto de 137 pacientes, en los cuales hemos visto que la expresión de BLIMP-1 es mucho más frecuente de lo previamente descrito. Hemos encontrado mediante western blot, que la expresión mayoritaria en los pacientes de CLL, tanto en tejido como en sangre periférica, era la isoforma alternativa BLIMP-1Δ6, independientemente del factor de splicing SF3B1. Hemos visto que esta isoforma estaba presente tanto en el núcleo como en el citoplasma, pero mayoritariamente en este último, lo que podría facilitar su interacción con las otras isoformas de BLIMP-1. Mediante la estimulación de las células, derivadas de pacientes de CLL, hemos visto que se producía una diferenciación parcial de las células, aumentando BLIMP-1α, IRF-4 y CD38. En cambio, se mantenían algunos de los factores que definen la identidad de célula B, como PAX-5 o CD19. Además no variaba la expresión de la isoforma alternativa BLIMP-1Δ6. Por lo tanto, la expresión de la isoforma BLIMP-1Δ6 podría ser el responsable del bloqueo de la diferenciación plasmocelular en la CLL. Serían necesarios más estudios para esclarecer el mecanismo por el cual la CLL expresa esta isoforma.
Síndromes Linfoproliferativos Asociados a Inmunodeficiencias Secundarias: Papel de la Infección por Virus Herpes Oncogénicos y la Diferenciación Plasmocelular
(Universitat de Barcelona, 2017-06-07) González Farré, Blanca; Campo Güerri, Elias; Martínez Pozo, Antonio; Universitat de Barcelona. Departament d'Anatomia Patològica, Farmacologia i Microbiologia
[spa] Los síndromes linfoproliferativos (SLP) asociados a inmunodeficiencias secundarias son un grupo heterogéneo de enfermedades que comparten unas características comunes como la infección por virus herpes oncogénicos y la diferenciación plasmocelular. Los principales herpes virus oncogénicos son el virus de Epstein-Barr (EBV) y el virus herpes tipo 8 (HHV8). Éstos se caracterizan por tener una fase lítica y una de latencia. Se creía que sólo la fase de latencia era oncogénica aunque ahora sabemos que la fase lítica también puede inducir linfomagénesis. La fase lítica de los virus herpes oncogénicos se reactiva con la vía de estrés de retículo endoplasmático (ERE/UPR) que además regula la diferenciación plasmocelular. Se han identificado lesiones iniciales y precursoras de los SLP asociados a EBV que configuran un espectro que abarca desde hiperplasias linfoides a linfomas. Sin embargo, el espectro de los SLP asociados a HHV8 no está bien caracterizado y no se conoce si existen lesiones precursoras. En esta tesis doctoral nos centramos en el estudio de los SLP post-trasplante (PTLD) y las proliferaciones linfoides relacionadas con HHV8 con el objetivo de definir las características clínico-biológicas de estas dos lesiones poco frecuentes, definir también su heterogeneidad clínica y evolutiva e identificar variables pronósticas. De un total de 35 casos de PTLD estudiados, la infección por EBV se observó en 28 (80%) casos y las latencias más frecuentes fueron la II y III. La replicación de EBV se detectó en 17 (60%) de los casos. De éstos, 11/12 casos evaluables presentaban activación de XBP1. Curiosamente, la combinación de infección con latencia tipo III y replicación viral identificó un subgrupo de pacientes de alto riesgo con una menor supervivencia (supervivencia global al año 18% vs 48%) y un desarrollo más temprano del PTLD (mediana de 7 vs 26 meses). Además, estos pacientes parecen estar más inmunosuprimidos ya que tienen menores tasas de rechazo y de enfermedad de injerto contra huésped pero mayor incidencia de reactivación de citomegalovirus. Por lo tanto, la replicación de EBV en PTLD se asocia con diferenciación plasmocelular y activación de XBP1 y tiene implicaciones pronósticas. Tanto la latencia III como la infección lítica se relacionan con una mayor agresividad y un desarrollo más temprano de los PTLD. Por otro lado, estudiamos 66 casos correspondientes a 61 pacientes con proliferaciones linfoides asociadas a HHV8 y las dividimos en 5 grupos diferenciales. Identificamos 13 (20%) casos de hiperplasia linfoide reactiva asociada a HHV8, 2 (3%) casos de proliferaciones plasmablásticas de la pulpa roja esplénica, 28 (42%) casos de enfermedad de Castleman multicéntrica (MCD), 6 (9%) casos de SLP germonitrópicos (GLPD) y 17 (26%) casos de linfomas asociados a HHV8. Como esperábamos, detectamos una correlación entre el subtipo histológico y la supervivencia global (p<0.05). Cuarenta y siete casos se desarrollaban en el contexto de infección por HIV (77%). Además de la presentación y la morfología ya reconocida de las distintas entidades, identificamos también nuevos hallazgos. Las hiperplasias linfoides asociadas a HHV8 frecuentemente se presentaron con síntomas sistémicos pero no progresaron a linfomas. Dos casos presentaban proliferaciones linfoides limitadas al bazo. Ocho casos de MCD debutaron de forma atípica poco después del diagnóstico de HIV, seis casos se presentaron con derrames y en tres casos existía una proliferación celular enriquecida en plasmablastos. Uno de los GLPD era EBV negativo y 3 se desarrollaban en pacientes HIV positivos y tenían hallazgos clínicos y patológicos particulares. Dos de los linfomas asociados a HHV8 no cumplían criterios de ninguna de las entidades conocidas. Los hallazgos de este estudio expanden el espectro clínico y patológico de las proliferaciones linfoides asociadas a HHV8 con lesiones y características no reconocidas previamente.
Caracterización y desarrollo de ozenoxacino: una quinolona no fluorada
(Universitat de Barcelona, 2011-11-04) Tarragó i Asamara, Cristina; Gargallo Viola, Domingo; Vila Estapé, Jordi; Universitat de Barcelona. Departament d'Anatomia Patològica, Farmacologia i Microbiologia
[spa] El progresivo y alarmante incremento de las resistencias a los antibióticos actualmente disponibles hace necesaria la investigación de nuevos compuestos, tanto de agentes pertenecientes a grupos químicos conocidos pero con propiedades mejoradas, como de antibióticos con nuevo mecanismo de acción. Las infecciones de la piel y estructuras relacionadas, siguen representando una parte importante de las enfermedades infecciosas y son responsables, aproximadamente, del 10% de todas las admisiones hospitalarias. La familia de antibióticos con estructura química quinolónica se conoce desde hace más de 30 años. Más de 10 compuestos pertenecientes a ella se encuentran hoy en día en uso clínico, sin embargo, sólo uno de ellos se ha utilizado en el tratamiento tópico de las infecciones de piel y estructuras relacionadas (SSSIs). Ozenoxacino es una nueva quinolona no fluorada en desarrollo, que mejora las características de las de la cuarta generación. La hipótesis de trabajo es que el perfil de actividad de ozenoxacino resulta idóneo para proponer a este compuesto como quinolona de uso tópico en el tratamiento de las infecciones de piel y estructuras relacionadas (SSSIs). Los objetivos específicos de la tesis son: - La evaluación de la actividad in vitro de ozenoxacino y estudio de su espectro de acción entre diferentes grupos de bacterias. - Evaluación de la actividad de ozenoxacino frente a cepas de especies bacterianas que normalmente son responsables de las infecciones de piel y tejidos asociados, incluyendo cepas resistentes a otros antibióticos (especialmente de uso dérmico). - Estudio de la actividad bactericida de ozenoxacino y de su perfil en las curvas de letalidad. - Aproximación al estudio del mecanismo de acción de ozenoxacino - Evaluación de la eficacia de ozenoxacino en el modelo de infección dérmica por S.aureus en roedores, y - Absorción transdèrmica de ozenoxacino Las conclusiones fueron que: - Ozenoxacino presenta una excelente actividad frente a bacterias Gram-positivas, especialmente S.aureus, S.epidermidis y estreptococos, con distintos perfiles de sensibilidad y resistencia a antibióticos, siendo, además, más activo que ciprofloxacino, levofloxacino y moxifloxacino. - Ozenoxacino presenta una excelente actividad frente a las cepas MRSA sensibles a ciprofloxacino, incluso multiresistentes a otros antibióticos, mientras que, mantiene una buena actividad frente a las cepas MRSA resistentes a ciprofloxacino. - Ozenoxacino posee una potente actividad frente a enterobacterias, ligeramente inferior a ciprofloxacino y similar a moxifloxacino y levofloxacino. Esta actividad no se conserva en el caso de cepas resistentes a ciprofloxacino. - Ozenoxacino presenta una buena actividad frente a bacterias Gram-negativas exigentes tales como Hemophilus influenzae, Moraxella catarrhalis, Neisseria gonorrheae, Neisseria meningitidis y Helicobacter pylori; actividad ligeramente superior a ciprofloxacino, levofloxacino y moxifloxacino. - Ozenoxacino presenta una excelente actividad frente a bacterias anaeróbicas tales como B.fragilis, y Cl.perfringens, y una moderada actividad frente a las cepas de C.difficile, siempre mejor que las quinolonas evaluadas conjuntamente. - Ozenoxacino posee una excelente actividad frente a especies de patógenos atípicos como Chlamydia spp, Mycoplasma spp, Ureaplasma spp, Legionella spp, siempre superior a levofloxacino; y una buena actividad frente a Mycobacterium tuberculosis, similar a levofloxacino y mejor que rifampicina. - Ozenoxacino presenta mejor actividad que mupirocina y ác. Fusídico frente a los patógenos, incluso multiresistentes, implicados en infecciones de piel y estructuras relacionadas (SSSI). - Ozenoxacino posee, a las concentraciones testadas en este estudio, una excelente actividad bactericida frente a S.aureus y S.pneumoniae, y, una actividad bactericida más lenta frente a S.pyogenes. - Ozenoxacino es muy activo frente a cepas de S.aureus con mutaciones en los genes gyrA y grlA, y mantiene una potente actividad frente a cepas con una mutación doble en grlA y una simple en gyrA. - Ozenoxacino no es sustrato de los sistemas de transporte que se inhiben por reserpina, y que afectan a otras quinolonas en bacterias Gram-positivas. - Ozenoxacino no favorece la selección de mutantes resistentes en S.aureus, mediante ensayos en un solo paso, o en múltiples pasos. - Ozenoxacino es eficaz en el modelo de infección dérmica por S.aureus en ratón, siendo superior a las formulaciones de mupirocina y retapamulina. - Ozenoxacino no se absorbe en humanos tras aplicaciones dérmicas de pomada al 1% y crema al 2% (hasta 7 días, tres veces al día), administrando 5-10 mg en 90cm2. - Las formulaciones dérmicas de ozenoxacino, en pomada y crema, han demostrado una tolerabilidad local excelente en los estudios realizados en voluntarios sanos.
Caracterización de la estadificación molecular en carcinoma de colon. Correlación clínico-histológica
(Universitat de Barcelona, 2016-12-21) Aldecoa Ansórregui, Iban; Cuatrecasas Freixas, Miriam; Castells Garangou, Antoni; Universitat de Barcelona. Departament d'Anatomia Patològica, Farmacologia i Microbiologia
[spa] ANTECEDENTES: El tratamiento del carcinoma colorectal (CCR) en estadios I-II es quirúrgico, aunque un 25% de pacientes pueden recidivar. El estadio ganglionar es un factor pronóstico independiente y determina el tratamiento quimioterápico. El estadiaje ganglionar histológico (pN) se realiza con tinción de hematoxilina-eosina (HE), método poco sensible para detectar pacientes con riesgo de recidiva. Las técnicas moleculares detectan células tumorales en el 25-50% de los ganglios linfáticos (GLs) de CCR que se han diagnosticado como negativos por HE, las cuales se asocian en el CCR precoz a mayor riesgo de recidiva y peor supervivencia. Sin embargo, el diagnóstico molecular es complejo y costoso, impidiendo su uso en la práctica clínica. OBJETIVOS, ESTUDIOS REALIZADOS Y RESULTADOS OBTENIDOS: El primer estudio que compone la tesis doctoral es multicéntrico y prospectivo. Tiene como objetivo determinar la relación entre la carga tumoral molecular en GLs y los factores de riesgo convencionales en pacientes con cáncer de colon en estadios I-II. Se obtuvieron 1940 GLs de 149 pacientes con cáncer de colon con estadio histológico pN0. Se cuantificó la cantidad de ARNm mensajero (ARNm) de citoqueratina 19 (CK19) en los GLs mediante la técnica Reverse Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification (RT-LAMP) denominada One-Step Nucleic Acid Amplification. Se definió la carga tumoral total (CTT) de cada paciente como la suma de todas las copias de ARNm de CK19/μL de cada GL positivo por colectomía. Se obtuvo una mediana de 15 GLs por caso (RIC 12;20). La positividad molecular se correlacionó con la presencia de áreas de alto grado (p <0,01), histología mucinosa/anillo de sello (p = 0,017), sexo masculino (p = 0,02), número GLs aislados (p = 0,012) y el peso total de GLs por caso (p < 0,01). La CTT se relacionó con el estadio pT (p = 0,01) y tamaño tumoral (p <0,01) en los tumores de bajo grado. El estudio de regresión logística multivariante mostró una correlación independiente de positividad molecular con el género, grado tumoral y número de GLs en fresco [AUC = 0,71 (IC del 95% = 0,62 a 0,79)]. El objetivo del segundo estudio es evaluar el impacto del tatuaje endoscópico prequirúrgico en la detección molecular de carga tumoral en GLs de neoplasias de colon en estadios iniciales. Métodos: Se trata de un estudio de cohorte prospectivo basado en una población de cribado de CCR en un hospital universitario terciario. Se evaluaron los GLs de colectomías con y sin tatuaje endoscópico preoperatorio mediante dos métodos, HE y RT-LAMP. Se comparó la cantidad de la carga tumoral y los valores de GLs obtenidos entre especímenes tatuados y no tatuados. Resultados: Se evaluaron mediante HE y RT-LAMP 936 GLs obtenidos de 71 colectomías que contenían carcinomas precoces y adenomas endoscópicamente irresecables (8 pT0, 17 pTis, 27 pT1, 19 pT2); 47 de 71 casos (66,2%) estaban tatuados. La positividad molecular en GLs se correlacionó con la presencia de tatuaje ganglionar [p <0,001; odds ratio 3.1 (95% IC 1.7 a 5.5)]. Se obtuvo un número significativamente mayor de GLs en especímenes tatuados en comparación con los no tatuados (mediana 17 GLs vs. 14,5 GLs; p = 0,019). CONCLUSIONES: Los resultados de los estudios de la presente tesis doctoral muestran que la detección de ARNm de CK19 en ganglios linfáticos se correlaciona con factores de alto riesgo clásicos en pacientes con cáncer de colon en estadio I-II. La CTT es una medida cuantitativa y objetiva que puede contribuir a una mejor estadificación de pacientes con cáncer de colon precoz. Asimismo, el tatuaje endoscópico permite la detección de los ganglios linfáticos más proclives a albergar células tumorales y aumenta el número de ganglios linfáticos aislados.
Papel del factor de transcripción SOX11 en la caracterización del linfoma de células del manto
(Universitat de Barcelona, 2016-06-14) Ribera Cortada, Inmaculada; Campo Güerri, Elias; Universitat de Barcelona. Departament d'Anatomia Patològica, Farmacologia i Microbiologia
[spa] El Linfoma de células del Manto (LCM) es un linfoma B maduro, con una característica sobreexpresión de la proteína nuclear Ciclina D1. Se caracteriza por presentar un curso clínico agresivo, aunque se ha observado que algunos pacientes tienen un curso clínico más indolente. Recientemente se ha observado que el factor de transcripción SOX11 tiene una sobreexpresión específica en este tipo de linfoma. El diagnóstico diferencial entre el LCM y otros tipos de linfoma B puede ser difícil. Un problema es el diagnostico diferencial entre el Linfoma Difuso de Célula B Grande (LDCBG) Ciclina D1 positivo y las variedades pleomórfica y blastoide del LCM. Dado que los pacientes se tratan de forma diferente es importante identificar parámetros que permitan establecer el diagnostico diferencial. Estudios recientes han identificado algunos LCM que de forma peculiar presentan una diferenciación plasmocelular. Recientes trabajos han implicado SOX11 en el bloqueo de la diferenciación B terminal a través de la expresión forzada de PAX5. Así pues estas observaciones permiten postular que la diferenciación plasmocelular y más ampliamente el inicio de la diferenciación B-terminal en LCM se debe producir preferentemente en LCM SOX11 negativos. En esta Tesis doctoral hemos estudiado el papel del factor de transcripción SOX11 en el LCM. La intención era poder encontrar herramientas prácticas que nos ayuden a poder identificar y caracterizar mejor al LCM. En este sentido hemos estudiado el valor de SOX11 y otros parámetros en el diagnostico diferencial entre el LCM y el LDCBG Ciclina D1 positivo y por otra parte hemos analizado la diferenciación B-terminal en LCM y su relación con la expresión de SOX11. En el primer manuscrito de esta Tesis hemos teñido 206 LDCBG para Ciclina D1 e identificamos tres casos (1.5%) positivos. Los tres casos eran SOX11 negativos y por FISH se confirmó la ausencia de aberraciones de CCND1. Se estudiaron 22 LCM, todos expresando Ciclina D1 con 89% de los casos expresando SOX11, una frecuencia estadísticamente significativa en relación al LDCBG Ciclina D1 positivo. Una cohorte separada de 98 LDCBG resulto negativa para SOX11, con solo un caso Ciclina D1 positivo. Este LDCBG Ciclina D1 positivo tampoco presento aberraciones de CCND1 por estudios de FISH. En el segundo manuscrito de esta Tesis hemos investigado el fenotipo de diferenciación terminal de células B en 60 LCM 41 SOX11-positivos y 19 SOX11-negativos. Se observaron células plasmáticas monotípicas y células linfoides con diferenciación plasmocítica expresando Ciclina D1 en 7 (37%) casos SOX11-negativos, pero en ninguno de los 41 casos SOX11-positivos (p<0.001). Los tumores SOX11-negativos tenían más frecuentemente una expresión intensa citoplasmática con restricción de una cadena ligera de inmunoglobulina que los positivos (58% vs 13%) (p=0.001). Similarmente los casos SOX11-negativos tenían una expresión de BLIMP1 y XBP1 significativamente más frecuente que en los casos positivos (83% vs 34% y 75% vs 11%, respectivamente) (p=0.001). Sin embargo, no se observaron diferencias en la expresión de IRF4/MUM1 entre estos subtipos de LCM. En resumen, las conclusiones principales de esta Tesis son que el LDCBG Ciclina D1 positivo es poco frecuente, es negativo para SOX11 o aberraciones de CCND1. Por tanto SOX11 es útil en el diagnostico diferencial entre LDCBG Ciclina D1 positivo y LCM. Además el LCM SOX11-negativo puede ser un subtipo específico de este tumor que se caracteriza por presentar con mayor frecuencia características morfológicas e inmunofenotípicas de diferenciación terminal de células B, que pueden ser facilitadas por la ausencia del factor de transcripción SOX11.
Quinolone resistance acquisition and impact on virulence in Salmonella enterica: a cost-benefit matter
(Universitat de Barcelona, 2015-11-13) Ballesté Delpierre, Clara Celia; Vila Estapé, Jordi; Fàbrega Santamaria, Anna; Universitat de Barcelona. Departament d'Anatomia Patològica, Farmacologia i Microbiologia
[eng] Infections due to Salmonella enterica are of great concern worldwide as they represent an important cause of morbidity and mortality. Resistance to antibiotics used to treat salmonellosis has emerged along the years, and thus, the treatment of choice has been changing in order to adapt to the new features of the circulating pathogens causing disease. Currently, fluoroquinolones, mainly represented by ciprofloxacin and ofloxacin, are widely used to treat this kind of infections although other antimicrobial classes as well as new generations of fluoroquinolones are sometimes required when treatment failure occurs. This situation is mainly due to the rise in the number of isolates showing nalidixic acid resistance associated with a decrease in the susceptibility to fluoroquinolones (e.g. ciprofloxacin). Moreover, the spread of multidrug resistant isolates carrying several resistance plasmid or chromosomally-located determinants also explains, in part, the decrease in the efficacy of the current treatment and represents an important issue. Despite this trend, a low frequency of fluoroquinolone-resistant Salmonella enterica isolates are still reported in the literature, a fact that has been the object of attention in our research group. In order to explain the current scene, we have hypothesized a presumable link between quinolone-resistance acquisition and the decrease in the virulence features among this species. This PhD thesis addresses the context of Salmonella from different perspectives, including an epidemiological approach as well as in vitro models in order to understand the biology of this pathogen and its relation with quinolone resistance. In order to develop our hypothesis, the following specific objectives were defined: 1) Evaluation of the clonal relatedness of S. Enteritidis and S. Typhimurium clinical isolates using two different typing techniques, 2) Analysis of the outer-membrane subproteome of S. Typhimurium SL1344, 3) Investigation of the molecular mechanisms of quinolone resistance and their regulation, 4) Assessment of virulence-related properties in clinical and in vitro-selected mutants of Salmonella enterica isolates presenting different degrees of susceptibility/resistance to quinolones, 5) Identification of novel genes potentially involved in quinolone resistance and/or virulence in S. Typhimurium, 6) Genome comparison of S. Typhimurium isolates causing invasive versus non-invasive salmonellosis from different geographical areas. These objectives have been fulfilled in 5 papers, a manuscript and additional results.
Estudi de les alteracions genètiques en melanoma cutani mitjançant hibridació in situ fluorescent: valor diagnòstic i pronòstic
(Universitat de Barcelona, 2015-03-19) Díaz Lorca, Maria Alba; Alós i Hernández, Llúcia; Universitat de Barcelona. Departament d'Anatomia Patològica, Farmacologia i Microbiologia
El melanoma cutani és la principal causa de mort per càncer de pell. L’estudi histopatològic és considerat actualment el gold standard per al diagnòstic del melanoma i el seu diagnòstic diferencial, principalment amb les lesions melanocítiques benignes (nevus). Això, tanmateix, mostra moltes limitacions i de fet existeix una gran variabilitat interobservador inclòs entre dermatopatòlegs experts. Clars contextos de dificultat diagnòstica són les neoplàsies melanocítques fusocel·lulars i les neoplàsies melanocítiques acrals. Estudis recents d’hibridació genòmica comparada han demostrat que els melanomes, a diferència dels nevus, molt sovint presenten aberracions en forma de guanys i pèrdues gèniques. D'aquests estudis s'han seleccionat determinats gens, l’estudi dels quals mitjançant hibridació in situ fluorescent (FISH) s'ha demostrat útil per al diagnòstic diferencial de les lesions melanocítiques. D'altra banda, aquests estudis també han demostrat que sota el nom de melanoma existeixen diferents subtipus de neoplàsies amb aberracions cromosòmiques distintives, suggerint bases patogenètiques diferents. Així, els melanomes lentiginosos acrals es caracteritzen per mostrar amplificacions dels gens CCND1, TERT i AURKA. En el primer treball que conforma aquesta tesi hem estudiat un seguit de lesions histològiques melanocítiques fusocel·lulars, atenent les seves característiques clínico-patològiques així com la utilitat de l'estudi de proteïnes del cicle cel·lular i inhibidors de l'apoptosi per immunohistoquímica i també l'estudi dels gens REEB1, CCND1 i MYB per FISH en el seu diagnòstic diferencial. Els nevus de Reed, encara que normalment mostren característiques diferencials amb els melanomes, també poden tenir trets preocupants com el creixement pagetoide o l’extensió annexial. L'estudi de Ki-67, CCND1 i survivina per imunohistoquímica podria ser una tècnica útil addicional en el diagnòstic diferencial entre nevus de Reed i melanomes fusocel·lulars, així com també l'estudi mitjançant FISH dels gens RREB1, CCND1 i MYB, amb una sensibilitat i especificitat del 73% i 93%, respectivament. En el segon i tercer treballs que conformen aquesta tesi hem estudiat una sèrie de lesions melanocítiques acrals, incloent-hi nevus i melanomes acrals (MLAs). Es van estudiar les seves característiques clínico-patològiques i es va avaluar la utilitat del FISH en el seu diagnòstic diferencial (mitjançant l'estudi dels gens RREB1, CCND1, MYB, TERT i AURKA). També es van correlacionar l'estat dels gens CCND1, TERT i AURKA amb la seva expressió proteica mitjançant immunohistoquímica així com amb les característiques histopatològiques dels tumors i els pronòstic dels pacients. Hem observat que el l’estudi de FISH dels gens REEB1, CCND1 i MYB demostra una sensibilitat del 85.3% i una especificitat del 100% en el diagnòstic diferencial de les lesions melanocítiques acrals. Aquesta sensibilitat clarament s'incrementa amb l'addició de sondes específiques per als gens TERT i AURKA. En els MLAs, les amplificacions de CCND1, TERT i AURKA són mutualment excloents, fet que suggereix que aquest tipus de melanoma presenta diferents vies oncogèniques. També hem detectat una correlació significativaent positiva entre el número de còpies del gen i la sobreexpressió de proteïna en la CCND1. Les amplificacions de TERT detectades per FISH en els MLAs s’associen a una pitjor supervivència global, inclòs després de l'anàlisi multivariant.
Estudi de la regulació de la proteïna proapoptòtica RTP801 per l’E3 ubiquitina lligasa parkina en la malaltia de Parkinson
(Universitat de Barcelona, 2015-07-22) Romaní Aumedes, Joan; Malagelada Grau, Cristina; Pérez Navarro, Esther; Universitat de Barcelona. Departament d'Anatomia Patològica, Farmacologia i Microbiologia
[cat] Les mutacions del gen PARK2 estan associades amb l‘aparició de parkinsonisme juvenil autosòmic recessiu (AR-JP). A través de diferents mecanismes aquestes mutacions comporten la pèrdua de la funció E3 lligasa de la proteïna parkina, amb el que promouen l’acumulació tòxica de proteïnes que resulta en una lenta però progressiva degeneració i mort neuronal. En aquest treball, s’ha descrit la proteïna RTP801/REDD1, proapoptòtica i reguladora de la cinases de supervivència mTOR i Akt, com a substrat de la parkina. L’E3 lligasa parkina interacciona amb la proteïna proapoptòtica RTP801 i en catalitza la poliubiquitinització K48, facilitant així la seva degradació proteasomal, i contribuint a mantenir-ne els nivells proteics baixos. En efecte, s’ha observat que la pèrdua de funció de la parkina provoca una acumulació de l’RTP801 en models cel·lulars i en ratolins genoanul·lats per parkina (PaKO). L’augment en els nivells de la proteïna RTP801 també és remarcable en seccions post mortem de la substància negra pars compacta (SNpc) i en fibroblasts de pacients amb mutacions patològiques del gen PARK2. Per altra banda, l’expressió ectòpica de la parkina disminueix els nivells proteics de l’RTP801 i exerceix un efecte protector vers la toxicitat dependent de l’elevació d’aquesta, ja sigui per la sobreexpressió ectòpica de l’RTP801 o pel tractament amb la neurotoxina parkinsoniana 6-OHDA. Aquest efecte és dependent de la poliubiquitinització i degradació de l’RTP801, com ho demostra l’absència de protecció vers el mutant no ubiquitinitzable RTP801 K-R. De manera consistent, la parkina mutant inactiva falla en produir aquest efecte protector, mentre que la depleció de la parkina produeix una exacerbació dels efectes deleteris de l’RTP801 i contribueix a la inactivació de la via de supervivència cel·lular mTOR/Akt. Per tot plegat, es proposa que la parkina és capaç de prevenir l’acumulació tòxica de la proteïna proapoptòtica RTP801 en un context parkinsonià. En conjunt, aquests resultats indiquen que l’RTP801 es un nou substrat de l’activitat E3 lligasa de la parkina, y que podria estar contribuint a la neurodegeneració causada por la pèrdua de l’expressió o activitat de la parkina. L’intercanvi d’informació entre neurones és un procés vital que té lloc en els contactes sinàptics, o sinapsis. En aquest treball s’ha demostrat que l’RTP801 es troba especialment expressat en les espines sinàptiques en conjunció amb la densitat postsinàptica dels contactes excitadors. A nivell funcional, s’ha vist que l’RTP801 ectòpica provoca un deteriorament de la transmissió sinàptica excitadora, causat per la disminució en la intensitat de l’expressió de diverses proteïnes sinàptiques. També s’ha determinat que l’efecte deleteri de la toxina 6-OHDA sobre el sistema de neurotransmissió glutamatèrgica és dependent de l’elevació dels nivells sinàptics de l’RTP801. Inesperadament, la manca de parkina tan sols produeix una lleuger increment dels nivells sinàptics de l’RTP801, tal com es dedueix dels experiments realitzats en cultius corticals de rata, i en ratolins PaKO, on inesperadament la proteïna RTP801 es situa preferentment en el compartiment presinàptic. Al contrari que en el teixit humà estriatal post mortem, on l’RTP801 és postsinàptic. La pèrdua d’innervació dopaminèrgica a l’estriat parkinsonià promou un efecte distròfic en les dendrites de les neurones espinoses mitjanes estriatals. En aquest treball s’ha descrit que les mostres estriatals post mortem provinents de pacients parkinsonians presenten una major acumulació de l’RTP801 tant en els homogenats com en les sinapsis, així com una reducció de l’activació de la via mTOR/Akt. Aquestes observacions obren la porta a una possible implicació de l’RTP801 en la disfunció sinàptica estriatal característica de la malaltia de Parkinson.
Identificación de predictores farmacogenéticos en la respuesta terapéutica a Fluoxetina en niños y adolescentes
(Universitat de Barcelona, 2015-04-14) Blázquez Hinojosa, Ana; Lázaro García, Luisa; Gassó Astorga, Patricia; Universitat de Barcelona. Departament d'Anatomia Patològica, Farmacologia i Microbiologia
[spa] La fluoxetina (FLX) fue el primer inhibidor de la recaptación de la serotonina (ISRS) disponible para el uso clínico, en la mayoría de países. Actualmente es el único ISRS aprobado por la Agencia Europea del Medicamento (EMEA), como tratamiento del Trastorno Depresivo (moderado a severo) (TDM) en niños a partir de 8 años, en los que el tratamiento psicológico no ha sido efectivo. Es un fármaco también utilizado en población infanto-juvenil para el tratamiento del Trastorno de Ansiedad Generalizada (TAG) y el Trastorno Obsesivo Compulsivo (TOC). A pesar de su utilidad, un 30-40% de los pacientes no responden de forma suficiente al tratamiento. La respuesta a FLX está modulada por distintos polimorfismos genéticos. A nivel farmacocinético las principales proteínas implicadas son el CYP2D6, CYP2C9 y la glicoproteína P. Las diferencias en la actividad de estas proteínas que actúan en el metabolismo o el transporte de la FLX podrían jugar un papel en la gran variabilidad interindividual en cuanto a concentraciones plasmáticas y efectos adversos al fármaco. En población infanto-juvenil son escasos los estudios sobre farmacogenética de los antidepresivos. HIPÓTESIS: La respuesta a fluoxetina está modulada por distintos polimorfismos genéticos, que regulan la actividad de diversos genes (CYP2D6, CYP2C9, ABCB1). Si se identifican podrán utilizarse como marcadores predictivos de respuesta al tratamiento. OBJETIVOS: 1)Estudiar si los niveles plasmáticos de fluoxetina se relacionan con la respuesta al tratamiento. 2) Estudiar si la variabilidad genética en los genes anteriormente descritos determina mejor o peor respuesta a fluoxetina en niños y adolescentes con TDM, TAG o TOC. 3) Evaluar la remisión/recuperación en una cohorte de pacientes seguidos durante 12m y diagnósticados de TDM y ver si se relaciona con la actividad de las proteínas CYP2D6, CYP2C9 y ABCB1 MÉTODOS: - Cohorte de 100 pacientes, edades comprendidas entre los 8 -17 años, diagnosticados de TDM, TAG o TOC, a quienes se les ha preescrito fluoxetina. - En las semanas 0, 8 y 12 se evaluará la clínica mediante escalas. En las semanas 8 y 12 obtención de muestra sanguínea para valorar niveles plasmáticos de fluoxetina. A partir de sangre de la semana 8 se extraerá el ADN que servirá para el estudio de los polimorfismos anteriormente detallados. - A los 12m se volverá a evaluar mediante escalas y entrevista clínica a aquellos pacientes diagnósticados TDM. RESULTADOS: Las concentraciones plasmáticas de la fracción activa en población infantil y juvenil (207 ± 159ng/ml) fueron similares a las recomendadas como rango terapéutico en adultos (120–300ng/ml). No correlación significativa entre FLX+NORFLX/dosis y mejoría clínica. Los efectos secundarios más frecuentes fueron somnolencia (17,6%), astenia (12,2%) e inatención (6,8%). No correlación significativa entre FLX+NORFLX/dosis y efectos secundarios (escala UKU) ni en la S8 (r=0,067, p=0,568) ni en la 12 (r=0.125, p=0.307). Las variantes genéticas en el CYP2D6 y CYP2C9 no parecen tener ningún efecto en la mejoría clínica, como se ha evidenciado en población adulta.De hecho, se ha descrito que las concentraciones plasmáticas no tienen relación con respuesta a tratamiento, lo que sugiere que puede ser que no estén relacionadas con las concentraciones intra-cerebrales de los antidepresivos y con la eficacia clínica.En cambio, la gp-P al ser clave en el paso de ntidepresivos en la BHE si podria influir en la respuesta clínica. El polimorfismo no sinónimo de G2677T del ABCB1 está asociado a la mejoría clínica después del tratamiento con FLX. No existe asociación entre las variantes genéticas del CYP2D6, CYP2C9 y la remisión/recuperación del TDM ni con conducta suicida. Respecto a los polimorfismos del ABCB1, a pesar de su asociación con respuesta a tratamiento, no asociación a remisión/recuperación ni con conducta suicida.
Elucidating the role of SOX11 in mantle cell Iymphoma
(Universitat de Barcelona, 2014-12-19) Palomero, Jara; Amador Espinosa, Virginia; Campo Güerri, Elias; Universitat de Barcelona. Departament d'Anatomia Patològica, Farmacologia i Microbiologia
[cat] Les neoplàsies limfoides són un grup heterogeni de tumors caracteritzats per un event genètic inicial i l’acumulació d’alteracions moleculars secundàries que condicionen la progressió tumoral. Els mecanismes genètics que condueixen a alteracions genètiques primàries són principalment les translocacions cromosòmiques que, generalment, resulten en l’activació d’un proto-oncogen que comporta l’alteració de la proliferació, l’apoptosi o la via de diferenciació de les cèl·lules B. El limfoma de cèl·lules del mantell (LCM) és una neoplàsia limfoide caracteritzada per una proliferació alta de limfòcits B madurs, i és considerada un dels limfomes no Hodgkin (LNH) més agressius amb una supervivència mitjana de 3-4 anys. L’evolució clínica acostuma a ser molt agressiva amb poca resposta al tractament i freqüent recidiva; són pocs els pacients que es curen amb les teràpies actuals. Tot i així, observacions clíniques recents han identificat alguns LCM amb un curs clínic indolent de la malaltia i una llarga supervivència dels pacients, inclòs sense la necessitat de tractament. Estudis d’expressió gènica diferencial han identificat que SOX11, un factor de transcripció neuronal, és un dels gens més ben caracteritzats per diferenciar els subtipus de LCM agressius i indolents ja que se sobre-expressa en els LCM agressius però no en els indolents. SOX11 pertany a la família dels gens SOX que codifiquen per possibles reguladors transcripcionals que desenvolupen funcions importants en diferents processos del desenvolupament. La funció de SOX11 i molts altres membres de la superfamília de proteïnes SOX actualment no es coneix, tot i que es creu que la funció de les proteïnes SOX és, almenys, en part estructural permetent que altres factors de transcripció s’uneixin al solc format a l’ADN i/o reunint elements reguladors, el que facilita la formació de complexes proteics. SOX11 se sobre-expressa constantment en gairebé tots els tumors de LCM agressius, a nivells inferiors en un subgrup de limfomes de Burkitt i limfoblàstics, però no en altres neoplàsies limfoides, en cèl·lules limfoides normals ni en pacients de LCM que segueixen una llarga evolució clínica indolent. Per tant, SOX11 ha estat identificat com a biomarcador en els tumors de LCM i possible factor pronòstic. Tot i que la funció de SOX11 i els seus possibles gens diana en cèl·lules limfoides es desconeixen, la seva alta expressió en els LCM agressius suggereix que SOX11 pot ser un element important en el desenvolupament i progressió d’aquest tumor. Per tant, els objectius d’aquest projecte de tesi doctoral són identificar, caracteritzar i validar les possibles vies oncogèniques regulades per SOX11 per obtenir un millor i major coneixement de la patogènesi del LCM, i trobar possibles candidats per a teràpies específiques per aquest tumor. Per realitzar aquests objectius hem estudiat els gens directament regulats per SOX11 mitjançant immunoprecipitació de cromatina,així com el fenotip associat a la pèrdua de l’expressió de SOX11 en línies cel·lulars de LCM establement transduïdes (model in vitro). A més a més, també hem estudiat l’habilitat tumorigènica de SOX11 mitjançant el xenotransplantament subcutani de les línies cel·lulars generades in vitro en ratolins immunodeficients (SCID) (model in vivo). Un cop hem identificat els possibles gens diana i les vies oncogèniques regulades per SOX11 mitjançant els models in vitro i in vivo, els hem validat en tumors humans primaris del LCM. S’han obtingut dos treballs d’investigació dels estudis que composen aquesta tesi doctoral, publicats a la prestigiosa revista d’hematologia Blood els anys 2013 i 2014. En ambdós treballs hem estudiat els mecanismes moleculars regulats per SOX11 responsables de la patogènesi i el desenvolupament maligne del LCM. El primer treball es centra en la caracterització del bloqueig del desenvolupament dels limfòcits B madurs degut a la sobre-expressió de SOX11 en el LCM, suggerint un diferent desenvolupament en la formació dels subtipus de LCM agressius i indolents. A més, també demostrem que SOX11 és indispensable pel creixement del LCM ja que tumors SOX11-negatius inoculats en ratolins SCID presenten un creixement menor comparat amb els tumors SOX11-positius. En el segon treball hem identificat, per primera vegada, la funció oncogènica de SOX11 en el LCM ja que regula processos angiogènics responsables del major creixement de les cèl·lules SOX11-positives. D’altra banda també mostrem noves aproximacions terapèutiques per aquest tipus de tumor que ajudarien a una millor estratificació i classificació dels pacients de LCM. Al primer article ens hem centrat en identificar les possibles funcions biològiques de SOX11 en el LCM. Combinant anàlisis de microarray d’immunoprecipitació de cromatina i perfil d’expressió diferencial després de silenciar l’expressió de SOX11, hem identificat gens diana i programes transcripcionals regulats per SOX11, incloent el bloqueig de la diferenciació de la cèl·lula B madura, la modulació del cicle cel·lular, l’apoptosi i el desenvolupament de cèl·lules mare. PAX5 apareix com un dels gens diana directes més significatius de SOX11. El silenciament de SOX11 disminueix l’expressió de PAX5, indueix la de BLIMP1 i promou el canvi de fenotip de cèl·lula B madura a la diferenciació plasmacítica inicial, tant en cèl·lules tumorals primàries del LCM com en un model in vitro. Els nostres resultats suggereixen que SOX11 contribueix al desenvolupament tumoral mitjançant la modulació del programa de la diferenciació terminal de la cèl·lula B en el LCM. A més, hem demostrat l’habilitat tumorigènica de SOX11 in vivo mitjançant un model de xenotransplantament de LCM en ratolins SCID. La reducció significativa del creixement tumoral de les cèl·lules amb expressió de SOX11 silenciada comparada amb el creixement de les cèl·lules de LCM amb alts nivells d’expressió de SOX11 dels xenotransplantaments, demostra la implicació de l’expressió de SOX11 en el comportament agressiu d’aquest limfoma. SOX11 se sobre-expressa en diferents tumors sòlids i en la majoria de LCM agressius. En el primer article constituent d’aquesta tesi doctoral hem demostrat que el silenciament de l’expressió de SOX11 redueix el creixement tumoral en un model de xenotransplantament, consistent amb el curs clínic indolent dels pacients del LCM SOX11-negatius. Tot i així, els mecanismes oncogènics directament regulats per SOX11 encara no s’han descrit. Per tant, en el segon treball ens hem centrat en la identificació i caracterització molecular de dits mecanismes. Hem observat que els tumors dels xenotransplantaments murins així com de pacients de LCM SOX11-positius estan enriquits en vies gèniques relacionades amb l’angiogènesi, i presenten una major densitat de microvasos comparada amb els tumors derivats dels xenotransplantaments i els tumors humans primaris SOX11-negatius. A més, el medi cel·lular condicionat derivat de cèl·lules SOX11-positives indueix una major proliferació, migració, formació de tubs, i activació de vies de senyalització angiogèniques en cèl·lules endotelials in vitro. Hem identificat el factor pro-angiogènic PDGFA com un gen diana directe de SOX11 en cèl·lules de LCM, la inhibició del qual elimina els efectes angiogènics accentuats en cèl·lules endotelials in vitro. Per altra banda, PDGFA està sobre-expressat en cèl·lules SOX11-positives tant en cultius cel·lulars de LCM, xenotransplantaments com en pacients de LCM. In vivo, el tractament dels xenotransplantaments SOX11-positius amb el fàrmac imatinib, un inhibidor del receptor de PDGFA, disminueix la neo-vascularització i el creixement tumoral de dites cèl·lules, equilibrant-lo al creixement tumoral de les cèl·lules SOX11-negatives. El nostre estudi identifica, per primera vegada, que SOX11 regula senyals de supervivència angiogèniques en el LCM, demostrant la seva implicació oncogènica en el comportament i progressió agressius d’aquest tumor maligne. A més a més, recalca la via SOX11-PDGFA com una possible diana terapèutica pel subtipus agressiu del LCM, una malaltia en la que encara actualment hi ha poques opcions terapèutiques duradores i complertes. En general, les conclusions d’aquest treball de tesi doctoral han estat les següents: 1. Identificació dels gens diana i les vies transcripcionals regulades per SOX11 en el LCM mitjançant experiments in vitro i in vivo. 2. Caracterització del bloqueig de la diferenciació dels limfòcits B madurs com a mecanisme del desenvolupament dels diferents subtipus de LCM agressius i indolents. Dit bloqueig està mediat per la sobre-expressió de PAX5 mitjançant SOX11. 3. Demostració de la implicació oncogènica de SOX11 en la patogènesi del LCM. 4. Caracterització de la regulació de processos angiogènics per part de SOX11 com a mecanisme oncogènic responsable del creixement tumoral del LCM agressiu. Dita regulació està mediada per la sobre-expressió de PDGFA mitjançant SOX11. 5. Identificació de possibles noves dianes terapèutiques en el LCM.
Diagnóstico y seguimiento microbiológico de la colonización respiratoria por Pseudomonas aeruginosa en fibrosis quística
(Universitat de Barcelona, 2015-01-29) Caballero Requero, Estrella; Andreu i Domingo, Antònia; González Martín, Julián; Universitat de Barcelona. Departament d'Anatomia Patològica, Farmacologia i Microbiologia
[spa] La fibrosis quística (FQ) es la primera causa de patología pulmonar crónica en la infancia. La colonización más frecuente es por P.aeruginosa y se asocia con un mayor deterioro de la función pulmonar, menor supervivencia y peor pronóstico. Su detección precoz permite instaurar tratamiento antibiótico para erradicar la bacteria y evitar o retrasar la infección crónica. El cultivo seriado del esputo es la técnica utilizada en el seguimiento microbiológico habitual para definir el estadio de colonización pulmonar. Sin embargo, puede ser negativo en pacientes con tratamiento antimicrobiano, baja carga bacteriana o cuando no se pueden obtener muestras respiratorias de suficiente calidad, como ocurre en los niños, en los que se utiliza principalmente el exudado faríngeo. La detección de anticuerpos anti-P.aeruginosa en suero o la detección del DNA de la bacteria en muestras respiratorias podrían mejorar el diagnóstico precoz de la colonización por P.aeruginosa. El objetivo del estudio ha sido evaluar cultivo, detección del DNA y anticuerpos específicos en el diagnóstico de la colonización respiratoria por P.aeruginosa en niños con FQ. El estudio ha incluido un primer análisis con 116 pacientes, en diferentes estadios de colonización por P.aeruginosa, para establecer los mejores puntos de corte para diferenciar entre pacientes colonizados y no colonizados y entre pacientes con y sin colonización crónica, y un análisis posterior del seguimiento de 68 pacientes durante dos años. La detección cuantitativa del DNA se realizó mediante PCR en tiempo real de dos secuencias de los genes toxA y gyrB de P.aeruginosa y los resultados se expresaron como unidades formadoras de colonías por ml (UFC/ml). La determinación del título de anticuerpos IgG frente a elastasa (ELA), proteasa alcalina (PA) y exotoxina A (ETA) de P.aeruginosa se realizó con el equipo anti-Pseudomonas aeruginosa IgG EIA (Mediagnost®. Reutlingen, Alemania). Para identificar colonización por P.aeruginosa, la sensibilidad de la PCRgyrB fue mejor que la del cultivo o la PCRtoxA, con especificidad similar. Los mejores resultados se obtienen combinando la PCRgyrB≥35UFC/ml con el cultivo. La sensibilidad (86,0%) es superior con especificidad (97,3%) similar respecto al cultivo aislado (44,2% y 100%). Combinando cultivo y PCRgyrB≥35UFC con la detección de anticuerpos anti-ELA≥1/240 o con la detección de anticuerpos frente a los tres antígenos de P.aeruginosa (PA≥1/180 y/o ELA≥1/240 y/o ETA≥1/800) mejora la sensibilidad (93,0% y 88,4%) pero disminuye la especificidad (86,3% y 80,8%). El análisis del seguimiento de los 68 pacientes durante 24 meses confirma estos resultados. La sensibilidad de cultivo y PCRgyrB≥35UFC combinadas (93,9%), es superior al cultivo aislado (68,6%) aunque la especificidad (84,8%) continúa siendo menor que la del cultivo (100%). La media de tiempo desde el inicio del seguimiento hasta el primer resultado positivo para la PCRgyrB≥35UFC (4,9 meses) y para la detección de anticuerpos anti-ELA≥1/240 (6,0) fueron significativamente (p<0,001 y p<0,05) menores que para el cultivo (9,2). Para identificar colonización crónica por P.aeruginosa, los mejores resultados se obtienen con las técnicas de detección de anticuerpos, independientemente del resultado del cultivo. Combinando la detección de anticuerpos frente a los tres antígenos (PA≥1/1900 y/o ELA≥1/1500 y/o ETA≥1/1900), la sensibilidad (88.2%) es superior al cultivo (64,7%) con igual especificidad (91,9%). Utilizando los criterios de interpretación recomendados por el manual de la técnica (PA y/o ELA y/o ETA≥1/1250) los resultados son peores. Cuando el cultivo es positivo únicamente la detección de anticuerpos se asocia estadísticamente con el diagnóstico de colonización crónica. Cuando el resultado del cultivo es negativo tanto la detección de anticuerpos como un resultado de PCRgyrB≥5000UFC/ml o la combinación de ambas se asocian con colonización crónica por P.aeruginosa.
Mechanisms of fluoroquinolone resistance in Escherichia coli, Salmonella Typhimurium and Yersinia enterocolitica. Influence on expression of virulence factors.
(Universitat de Barcelona, 2010-11-24) Fàbrega Santamaria, Anna; Vila Estapé, Jordi; Universitat de Barcelona. Departament d'Anatomia Patològica, Farmacologia i Microbiologia
[cat] NTRODUCCIÓ Les quinolones són antibiòtics d’ampli espectre i gran potència d’entre els quals, algunes fluoroquinolones com la ciprofloxacina, representen el tractament d’elecció per moltes infeccions. La resistència a aquests compostos és deguda a: i) mutacions en els gens diana, ii) mutacions que redueixen l’acumulació interna de l’antibiòtic (sobreexpressió de bombes d’expulsió i descens en la producció de porines), iii) adquisició de gens plasmídics. L’adquisició de resistència a les quinolones és un procés gradual. La primera mutació generalment confereix resistència a l’àcid nalidíxic, mentre que noves mutacions deriven en resistència a la ciprofloxacina. JUSTIFICACIÓ I OBJECTIUS L’increment de resistència a l’àcid nalidíxic en soques d’Escherichia coli, Salmonella Typhimurium i Yersinia enterocolitica és cada vegada més important, tot i que la resistència a la ciprofloxacina en els dos últims patògens no augmenta de manera significativa. Els resultats suggereixen que l’adquisició de resistència podria comprometre la virulència del bacteri. A més a més, un millor coneixement dels mecanismes de resistència pot afavorir l’emergència de noves estràtegies terapèutiques. L’objectiu principal d’aquesta memòria ha estat estudiar els mecanismes moleculars de resistència a les fluoroquinolones en aquests patògens així com el seu efecte en la virulència. RESULTATS • E. coli: Es van estudiar els mecanismes de resistència a les fluoroquinolones en dues soques: PS5, un aïllat clínic sensible, i NorE5, un mutant resistent a la norfloxacina. Es va identificar la sobreexpressió de la bomba AcrAB-TolC en NorE5 atribuïble a la sobreproducció de SoxS, originada per una mutació en el regulador SoxR. A més a més es van caracteritzar dos gens nous que pertanyen al reguló de SoxS: mdtG, que codifica per un sistema transportador, i ompN, que codifica per una porina i es coexpressa amb ydbK. • S. Typhimurium: Es va avaluar la prevalença dels mecanismes de resistència a l’àcid nalidíxic en un grup de soques clíniques de Salmonella spp. El 41.5% de les soques eren resistents amb una mutació en el gen gyrA i la sobreexpressió de bombes d’expulsió. Alternativament, es van seleccionar dues soques clíniques de S. Typhimurium (50-wt i 59-wt) sensibles a l’àcid nalidíxic per obtenir en el laboratori els corresponents mutants resistents a la ciprofloxacina (50-64 and 59-64). La soca 50-64 va adquirir 3 mutacions en el gens diana, sobreexpressava AcrAB-TolC, tenia una capacitat invasiva molt reduïda així com un creixement inferior a l’habitual. La soca 59-64 va adquirir 5 mutacions en els gens diana, sobreexpressava el regulador ramA associat a la sobreexpressió d’una bomba desconeguda, doncs tenia AcrAB inactivat per una mutació interna ja en la soca clínica original. • Y. enterocolitica: Es va seleccionar un aïllat clínic sensible a l’àcid nalidíxic per obtenir un mutant resistent a la ciprofloxacina (Y.83-64). La soca resistent va adquirir 4 mutacions en els gens diana, sobreexpressava AcrAB-TolC, atribuïble a la sobreexpressió de marAYe degut a una mutació en el promotor, i va mostrar un descens en la capacitat invasiva. Alternativament, es va avaluar l’heterogeneïtat en la selecció de mutacions en els gens diana en un mutant amb menor resistència a la ciprofloxacina.
Implicació de l'oncogen MYC en la patogènesi dels limfomes B agressius
(Universitat de Barcelona, 2013-10-11) Valera Barros, Alexandra; Colomo Saperas, Lluís; Campo Güerri, Elias; Universitat de Barcelona. Departament d'Anatomia Patològica, Farmacologia i Microbiologia
[cat]Les alteracions de MYC tenen influència sobre la supervivència dels pacients amb DLBCL. En aquest estudi vam analitzar les alteracions genètiques i l’expressió proteica de MYC, BCL2, BCL6 i MALT1 en 219 DLBCLs. El reordenament de MYC com a única anomalia (MYC “single-hit”) es va observar en un 3% dels casos, el reordenament de MYC alhora que el de BCL2 i/o BCL6 (MYC “double/triple-hit”) en un 4%, les amplificacions de MYC en un 2% i els guanys en un 19% dels casos. MYC “single-hit”, MYC “double/triple-hit” i les amplificacions de MYC es van associar amb una pitjor supervivència global i progressió lliure de malaltia. Es va observar una correlació entre les alteracions genètiques i l’expressió proteica de MYC. L’expressió elevada de MYC es va associar amb un supervivència global més curta independentment de l’Index Pronòstic Internacional (IPI) o de l’expressió de BCL2. En conclusió, l’expressió proteica de MYC identifica un subtipus de DLBCL amb un pronòstic molt desfavorable independentment de les alteracions genètiques o d’altres paràmetres pronòstics. El limfoma plasmablàstic (PBL) és un limfoma agressiu que està caracteritzat per un fenotip de cèl•lula B amb diferenciació terminal. En aquest estudi, hem investigat les alteracions cromosòmiques dels gens MYC, BCL2, BCL6, MALT1, PAX5 i IGH en 42 PBLs. El reordenament de MYC es va identificar en 20 de 41 (49%) PBLs i els gens de les IGs varen ser les seves parelles en els reordenaments de la majoria de tumors. El reordenament de MYC va ser més comú en els casos Epstein-Barr (EBV) positius (14 de 19, 74%) que els tumors EBV negatius (9 de 21, 43%) (p<0.05). En cap PBL es van detectar reordenaments de BCL2, BCL6, MALT1 o PAX5 però guanys d’aquests gens es van observar entre un 31% a un 41% dels casos examinats. En conclusió, els PBLs estan genèticament caracteritzats per freqüents translocacions IG/MYC i guanys en múltiples regions cromosòmiques. L’activació oncogènica de MYC en aquests limfomes podria ser un important element patogenètic associat amb la infecció per EBV. El limfoma de cèl•lula gran B ALK positiu (ALK+ LBCL) és una neoplasia limfoide agressiva caracteritzada per un fenotipus plasmablàstic i que presenta reordenament del gen ALK. L’expressió de MYC està downregulada per BLIMP1, un dels més importants moduladors de la diferenciació de la cèl•lula plasmàtica. BLIMP1 i MYC estan sobreregulats per STAT3, un transductor de senyal activat per ALK. Per a determinar el paper de BLIMP1, MYC i STAT3 en la patogènesi dels ALK+ LBCLs, varem estudiar el reordenament i expressió de MYC, STAT3 fosforilat, BLIMP1, PAX5 i XBP1 en 12 ALK+LBCLs. Tots els casos expressaven ALK amb un patró citoplasmàtic i granular. Nou casos van presentar una senyal de trencament corresponent a un reordenament d’ALK. Tres casos addicionals varen presentar una deleció de l’extrem 5’ o 3’ de la sonda d’ALK associada amb una translocació críptica. PAX5 fou virtualment negatiu en tots els casos analitzats, mentre que BLIMP1 es va expressar en tots els tumors i XBP1 en 11 de 12. STAT3 fosforilat es va observar en tots els casos amb un patró d’expressió nuclear intens i difús. No es va identificar reordenament de MYC en cap tumor, però si que es van detectar augment de número de còpies. Es va observar expressió proteica de MYC en tots els tumors independentment de les alteracions genètiques de MYC. Aquests resultats indiquen que els ALK+ LBCLs tenen un programa de diferenciació plasmablastic complet però, contràriament al limfoma plasmablàstic, careixen de reordenament de MYC. STAT3 està constantment activat i podria ser un mecanisme alternatiu per a promoure l’expressió de MYC en aquests tumors.
Caracterización genética y molecular del linfoma de células del manto y sus implicaciones clínicas
(Universitat de Barcelona, 2013-01-15) Royo Moreno, Cristina; Campo Güerri, Elias; Beà Bobet, Sílvia M.; Universitat de Barcelona. Departament d'Anatomia Patològica, Farmacologia i Microbiologia
Los resultados de esta tesis doctoral han permitido profundizar en el reconocimiento y clasificación del linfoma de células del manto (MCL), basándonos en dos subtipos poco habituales. Por un lado, hemos estudiado las muestras de los pacientes de MCL que no presentan la traslocación principal t(11;14), característica que ha sido objeto de discusión al pensar que el diagnóstico de MCL podía no ser el correcto. Por otro lado, hemos estudiado los MCL con presentación clínica indolente, larga supervivencia, y que no requieren tratamiento durante largos períodos de tiempo, particularidad llamativa en los pacientes de MCL. En las dos primeras publicaciones de esta tesis hemos profundizado en el estudio de los MCL ciclina D1 negativos. Hemos demostrado que el factor de transcripción SOX11, además de sobreexpresarse en MCL ciclina D1 positivos, es un biomarcador útil para identificar los MCL ciclina D1 negativos. Además, caracterizamos genéticamente estos casos y mostramos que el 55% presenta traslocaciones de la CCND2 predominantemente con cadenas ligeras de los genes de las inmunoglobulinas. El perfil de alteraciones genómicas estudiado con arrays de alta densidad ha demostrado que las alteraciones genéticas secundarias entre los MCL ciclina D1 negativos y positivos son muy similares. Los casos de MCL ciclina D1 negativos tienen características clínicas y patológicas similares a los ciclina D1 positivos. Las translocaciones de CCND2 junto con la expresión de SOX11 son herramientas de diagnóstico muy útiles en la identificación de los MCL ciclina D1 negativos para que éstos puedan beneficiarse de los mismos protocolos terapéuticos usados en los MCL convencionales. En el tercer trabajo de esta tesis, nos hemos centrado en el reconocimiento del grupo de pacientes de MCL que no necesita tratamiento durante largos periodos de tiempo, idea que está modificando la manera de entender el MCL, ya que en general está considerado un linfoma agresivo que requiere un tratamiento inmediato. En este trabajo nos basamos en el estudio de Fernandez et al.1 en que se comparó un grupo de pacientes de MCL con comportamiento clínico indolente con un grupo de pacientes con MCL convencional (agresivo). Ambos grupos de muestras tenían un perfil de expresión global similar, sugiriendo que pertenecen a la misma enfermedad, pero también diferían en la expresión de una pequeña firma de 13 genes que estaba altamente expresada en los casos convencionales de MCL pero era negativa en los tumores de los pacientes con comportamiento indolente. Por lo que en el presente estudio, diseñamos y validamos un ensayo de PCR cuantitativa, seleccionando tres genes de la firma de perfil de expresión génica: SOX11, HDGFRP3 y DBN1 que permiten clasificar los casos en uno de estos dos grupos. El subgrupo con baja expresión de los tres genes incluye principalmente los pacientes con clínica indolente, afectación no-ganglionar, genes de las inmunoglobulinas hipermutados, y una supervivencia significativamente superior en comparación a los casos con expresión alta. Además, los MCL leucémicos sin afectación ganglionar y con alta expresión de los tres genes tienen una supervivencia significativamente inferior y un comportamiento clínico más agresivo que los pacientes con firma de expresión baja sin afectación ganglionar. En cuanto a las alteraciones genéticas, tanto los MCL con alta o baja expresión de los tres genes tenían una supervivencia significativamente inferior si presentan alteraciones en 17p. Por tanto, concluimos que la evaluación de la firma de los tres genes junto con el estudio de 17p/TP53 en muestras leucémicas puede ayudar a identificar un subgrupo particular de MCL y determinar la evolución clínica de estos los pacientes. Por tanto, estos estudios pueden proporcionar una evaluación más precisa del MCL y una ayuda en la decisión de tratamiento más adecuado para cada paciente
Implicación de diversos mecanismos de resistencia a quinolonas en bacilos Gram-negativos: Diseño de una nueva fluoroquinolona
(Universitat de Barcelona, 2008-11-14) Sánchez Céspedes, Javier; Vila Estapé, Jordi; Universitat de Barcelona. Departament d'Anatomia Patològica, Farmacologia i Microbiologia
[spa] DE LA TESIS: Desde la aparición de las quinolonas, las resistencias bacterianas a las mismas han evolucionado de forma paralela. Conforme han ido apareciendo nuevas moléculas con mayor capacidad bactericida y mejores parámetros farmacodinámicos y farmacocinéticos, también se han ido identificando nuevos y más sofisticados mecanismos de resistencia, que se han ido adaptando a las necesidades de cada momento. Es por ello que se hace necesaria una nueva metodología para el diseño y la síntesis de nuevos agentes antibacterianos con el objetivo de aumentar su potencia antibacteriana y, al mismo tiempo, disminuir la probabilidad de generar a corto plazo nuevos mecanismos de resistencia. Con este fin, es fundamental conocer todos los mecanismos de resistencia y cuál es, en detalle, su mecanismo de acción, para poder diseñar nuevas moléculas capaces de, manteniendo su capacidad bactericida, eludir dichos mecanismos. En esta tesis nos propusimos como objetivos fundamentales, en primer lugar, investigar las bases moleculares de los mecanismos de resistencia a quinolonas en bacterias Gram-negativas. En concreto, en Escherichia coli, Yersinia enterocolitica y Citrobacter freundii. Por otro lado, se llevaron a cabo cálculos de acoplamiento o "docking" mediante la utilización de programas informáticos con el fin de incrementar nuestros conocimientos respecto al modelo de interacción entra ADN-ADN girasa-quinolona, para de esta manera mejorar nuestra comprensión de los mecanismos de resistencia a fluoroquinolonas asociados a las mutaciones más comúnmente encontradas en el gen gyrA. Finalmente, el último de los objetivos que nos propusimos fue el de diseñar, sintetizar y evaluar diferentes derivados de ciprofloxacino y norfloxacino con el fin de encontrar entre ellos alguno que tuviera la capacidad de interaccionar con la enzima ADN girasa, poseyendo ésta uno o dos cambios aminoacídicos en su subunidad A.
Estudi de l'estat mutacional dels gens de les immunoglobulines i heterogeneïtat clínico biològica del linfoma de les cèl•lules del mantell
(Universitat de Barcelona, 2012-09-25) Navarro López, Alba; Beà Bobet, Sílvia M.; Campo Güerri, Elias; Universitat de Barcelona. Departament d'Anatomia Patològica, Farmacologia i Microbiologia
[cat] El limfoma de cèl•lules del mantell (LCM) és una neoplàsia heterogènia en relació a les característiques clíniques, biològiques i moleculars que presenten els pacients. La morfologia, l’immunofenotip i el genotip no són suficients per explicar aquesta gran diversitat. Encara que es considera una neoplàsia agressiva alguns pacients segueixen un curs clínic indolent sense la necessitat de tractament en el moment del diagnòstic i presenten una supervivència llarga. Els resultats d’aquesta tesi demostren que els LCM amb elevada càrrega mutacional en els gens de les immunoglobulines (IGHV)(<97% d’identitat amb la línia germinal) utilitzen preferencialment certes famílies de gens IGHV, suggerint la presència de processos de selecció antigènica com a mecanisme de patogènesi d’aquesta neoplàsia i donant importància a la caracterització del receptor de les cèl•lules B (BCR). Els LCM amb gens IGHV mutats (M-LCM) presenten una menor complexitat genòmica, són preferencialment negatius per a l’expressió del factor de transcripció SOX11 i presenten afectació ganglionar amb més freqüència que els casos sense mutacions (U-LCM). Per altra banda, el perfil d’expressió gènica entre casos amb i sense mutacions en els gens IGHV, també mostra expressió diferencial de programes cel•lulars relacionats amb poblacions de cèl•lules B normals incidint amb la ontogènia d’ambdós grups. El perfil d’expressió de microRNAs també permet diferenciar entre dos grups de pacients amb diferent supervivència, reforçant la idea de la presència de dos subgrups que pertanyen a una mateixa entitat. La identificació i la correcte identificació d’aquests pacients de limfoma de cèl•lules del mantell són rellevants per al posterior maneig i tractament dels mateixos.
Inducción experimental transplacentaria y neonatal de tumores nerviosos a ratas Wistar con etilnitrosourea.
(Universitat de Barcelona, 1985-01-01) Ribalta Farrés, Teresa María; Cardesa García, Antonio; Universitat de Barcelona. Departament d'Anatomia Patològica, Farmacologia i Microbiologia
[spa] Se han estudiado los tumores nerviosos aparecidos en 509 ratas Wistar, descendientes de 80 hembras que fueron distribuidas al azar en cuatro grupos: Los animales del Grupo I fueron tratados con una dosis única de 15 mg/kg de etilnitrosourea (ENU) por vía intraperitoneal, el día 15 de la gestación; el Grupo II recibió el mismo tratamiento el día 21 de la gestación; en el Grupo III, se esperó hasta después del nacimiento y se administró la misma dosis a las crías, por via subcutánea, dentro de las primeras 24 h de vida postnatal; y el Grupo IV no recibió ningún tratamiento y sirvió de grupo control. Se observaron tumores nerviosos en el 88'6% de los descendientes. Los hallazgos más relevantes se observaron en la progenie del grupo I, la cual desarrolló numerosos tumores de vaina nerviosa periférica, intracraneales, espinales y periféricos, la mayoría neurofibromas, con estructuras plexiformes en el 30% de los mismos, así como gliomas en el sistema nervioso central y algunos nefroblastomas (tumores de Wilms). En el grupo II se desarrollaron los mismos tipos de tumores nerviosos y sistémicos pero con una menor proporción de neurofibromas plexiformes (21%). El porcentaje menor de tumores con patrón plexiforme se observó en el grupo III, en el que además no apareció ningún tumor de Wilms. La diferencia entre el grupo I y el grupo III con respecto a los tumores plexiformes resultó estadísticamente significativa (p<0.05). Puesto que en la especie humana los neurofibromas plexiformes son un marcador morfológico de neurofibromatosis tipo I o enfermedad de Von Recklinghausen, y además, en el presente estudio, se han desarrollado otras neoplasias que también se asocian a dicha enfermedad, se sugiere que la exposición a la ENU en el día 15 de la gestación, bajo las condiciones experimentales descritas, puede ofrecer un modelo para la investigación de las neoplasias asociadas a la neurofibromatosis, así como de los aspectos hereditarios de esta enfermedad.
Estudi de l’evolució de l’envolta del VIH-1 en pacients infectats sotmesos a vacunació terapèutica amb virus autòleg inactivat
(Universitat de Barcelona, 2011-06-16) Guilà Matarin, Meritxell; Pumarola Suñé, Tomàs; Gil Roda, Cristina; Universitat de Barcelona. Departament d'Anatomia Patològica, Farmacologia i Microbiologia
[cat] La infecció pel virus de la immunodeficiència humana (VIH) constitueix una de les epidèmies més importants actualment. El VIH es caracteritza per la seva elevada variabilitat genètica al llarg de la seva història natural. Les múltiples variants existents dins del mateix hoste, el que es coneix com quasiespècies, constitueixen una font d'adaptabilitat del virus, ja que permeten la disponibilitat d'una variant d'escapament davant una possible pressió selectiva en l'ambient (resposta immune, fàrmacs antiretrovirals, etc) . Malgrat els grans avenços en el desenvolupament de tractaments eficaços, actualment no ha estat possible l'eradicació de la infecció. El tractament antiretroviral de gran activitat (TARGA) ha disminuït significativament la morbi-mortalitat associada a la infecció pel VIH, però, no aconsegueix l'eliminació del virus. Conseqüència directa d'això és que, en suspendre'l, el virus reapareix en sang perifèrica, i caldrà mantenir el tractament de per vida, amb els seus costos tant a nivell d'efectes secundaris com econòmics. Davant aquesta situació, ha estat necessari el disseny de teràpies alternatives com les teràpies immunomediades (interrupcions estructurades del tractament o vacunes terapèutiques), enfocades a estimular el sistema immunològic del pacient per poder suspendre el TARGA de forma definitiva o, almenys, durant períodes variables de temps. Avui en dia no es coneixen amb exactitud els efectes que pugui tenir la variabilitat del VIH en les teràpies immunomediades, i l'interès del nostre estudi parteix d'aquesta premissa. Per això, l'objectiu d'aquesta tesi és analitzar, per primera vegada, l'evolució del virus en pacients sotmesos a vacunació terapèutica (en el nostre cas, una vacuna terapèutica de cèl•lules dendrítiques polsades amb el virus autòleg inactivat per calor).
Expressió de KIT i PDGFR en tumors de cèl·lules renals. Discussió del seu paper com a possibles dianes terapèutiques
(Universitat de Barcelona, 2008-11-14) Petit Montserrat, Ana; Mallofré i Gómez, Carme; Universitat de Barcelona. Departament d'Anatomia Patològica, Farmacologia i Microbiologia
[cat] En els darrers anys s´ha consolidat l´enfoc translacional en l´abordatge del càncer. Aquest es basa en la voluntat de comprendre la biologia tumoral i implementar clínicament aquest coneixement dissenyant nous fàrmacs capaços d´inhibir específicament molècules oncogèniques.En aquest context, s´han descobert els receptors tirosina-quinasa (RTK) com a proto-oncogens crucials en la diferenciació i proliferació cel·lular i com a molècules amb un gran paper en carcinogènesi. KIT i PDGFR són dos exemples paradigmàtics de RTK pels que s´han desenvolupat fàrmacs inhibidors, amb gran èxit terapèutic en aquells tumors, com el GIST, on aquestes proteïnes tenen un paper patogenètic crucial. L´enfoc translacional ha tingut un gran impacte en el camp dels tumors renals que representen un 3% dels tumors de l´economia i dels quals s´en reconeixen diferents subtipus. Els avenços en biologia molecular han permès definir la patogènia d´algunes entitats, sobretot del Carcinoma renal de cèl·lula clara (CRCC), un dels subtipus tumorals freqüents i més agressiu per l´alt nombre de pacients que desenvolupen malaltia metastàtica (30-50%) i pels quals s´estan buscant noves eines terapèutiques. Pel valor oncogènic i com a dianes terapèutiques del KIT i PGFR, aquest treball té com a objectiu estudiar l´expressió d´aquestes proteïnes per immunohistoquímica sobre teixit de tumors de cèl·lules renals. A més a més, en base a aquests resultats i la literatura es pretén discutir el seu valor com a dianes terapèutiques. En el nostre estudi es va demostrar expressió de KIT de forma específica en Carcinoma renal Cromòfob (ChRCC) i Oncocitoma (OR). També es va trobar sobreexpressió de KIT i PDGFRα en la diferenciació sarcomatoide de carcinomes renals (SRCC) sense que aquesta s´associès amb mutacions en els exons 9, 11, 13, 17 del KIT ni en els exons 11, 12, 17, 18 de PDGFRα; que són els més freqüent mutats en el GIST . Alhora vam observar expressió inespecífica en cèl·lules tumorals de PDGFRα i PDGFRβ en un baix nombre de casos i de forma dèbil en diferents subtipus de tumors renals. Per contra, vam evidenciar sobreexpressió de PDGFRβ vascular de forma característica en un alt percentatge de CRCC. En base als nostres resultats, proposem la utilitat de KIT com a marcador en el diagnòstic diferencial de diferents subtipus tumorals. Alhora, hem demostrat que l´expressió de KIT i PDGFRα en els SRCC no segueix el mateix model patogenètic que el GIST. La literatura sosté la necessitat de demostrar la implicació patogènica d´una proteïna en un tumor per plantejar l´efectivitat de la seva inhibició selectiva, essent l´expressió immunohistoquímica per si mateixa insuficient per sostindre aquest principi. Fins al moment, no es coneix si KIT i PDGFR tenen un paper oncogènic en el ChRCC, OR i en SRCC. Per tant, no hi ha suficients dades per proposar l´us d´inhibidors proteics contra aquestes proteïnes en ChRCC i SRCC disseminats. Per altra banda l´expressió vascular de PDGFRβ en CRCC si que té una base patogenètica ja que el seu lligand (PDGF) s´ha implicat directament en la seva biologia. Alhora aquesta expressió vascular és coherent amb els estudis que relacionen la isoforma beta del PDGFR amb la maduració dels pericits i en la promoció de l´angiogènesi. Per tant, els nostres resultats sostenen la relació del PDGFRβ en la patogènia del Carcinoma renal de cèl·lula clara i el valor terapèutic dels fàrmacs contra aquest receptor amb finalitat antiangiogènica. En conclusió, en el context de l´enfoc translacional del càncer i la necessitat d´implementació de nous fàrmacs inhibidors proteics pel tractament del carcinoma renal metastàtic, l´anàlisi d´expressió de RTK en tumors renals permet juntament amb la integració d´altres estudis, la discussió del valor diagnòstic i sobretot terapèutic d´aquestes dianes moleculars.

Examinar

Enviaments recents